允许根据用户的请求而在服务器上运行程序，本身就是一种安全漏洞，因此只有在必要时，才允许用户使用这些功能。
对于SSI，安全问题比较简单，可以将其设置为只分析普通标志，不执行外部程序，这必须在配置文件中使用Options IncludesNOEXEC选项，而非Options Includes选项。就能满足对安全性的一般要求。
CGI程序的情况更为复杂。由于CGI可以用两种方式设置，一种为由ScriptAlias设置CGI程序的路径，另一种为通过设置CGI的后缀而设置的。通常只有在信任用户有能力创建没有（或很少）漏洞的CGI程序时，才使用后缀确认CGI程序。否则将会产生一些很糟糕的CGI程序，使得系统很容易被攻击。因此将CGI程序限制在一些固定目录下的做法更为常见，这至少让一个CGI程序经过服务器管理员的一些检查，避免明显的漏洞。
CGI程序的另一个问题是，如果CGI程序要保存浏览器客户发布的数据，那么它就要访问系统的文件系统。通常Apache服务器使用User和Group配置服务器运行的用户和组属性，Apache服务器启动的CGI程序缺省也使用这个用户和组属性运行，也就拥有了这个用户和组的权限，可以存取文件系统中的数据，这就对系统安全造成另一个影响。然而又必须让CGI程序存取数据文件，因此就要适当调整User和Group的设置，使得它能够存取合适的数据文件。
即使如此，由于所有的CGI程序都以同样的用户执行，那么不同用户的CGI就能相互操作别的用户的数据文件，从而造成安全问题。为了使得不同的用户以不同的用户身份执行CGI，就需要使用程序的SetUID功能。因为SetUID 会带来极大的系统漏洞问题。因此如非必要，不要使用SetUID程序，尤其是root身份的SetUID程序。设置用户身份的问题可以使用Apache的suEXEC能力来帮助完成，它首先将身份改变为合适的用户，再执行相应的CGI程序。