因此只有研发更完善、更高级的电子清标软件，并结合电子评标软件的原理制定一个完成、切实可行的清标规则和评标办法，才能最大发挥电子评标系统的强大功效，减少人为因素干扰，CIO也才能确实保障招投标工作公正公平有效进行。
另外，在评标过程，也要加强网上质疑">工作流程，通过质疑程序以有利于保证招标严谨性，有利于招标项目面向社会监督，有效暴露违规行为和暗箱操作的主体。
网络问题威胁电子招投标安全
网上电子招投标系统也是一种网络信息系统，同样具有其他的信息系统类似的安全隐患和安全问题。由于电子招投标在网络环境中传播和存储，容易受到黑客、病毒攻击，造成公文失密、信息被盗、被删除或被改写等严重后果，都可能给网上招投标业务带来很大的危害，影响招投标工作的顺利进行，也给企业CIO工作带来很大挑战。
些主要表现在身份认证的问题、传输数据加密问题、数据存储加密问题等三大方面。因此企业单位对电子招标系统的加密能否确保绝对安全、供需双方交换电子文件如何互联互信、法律效力如何确定等问题心存忧虑，制约电子化招投标的推广、普及。
官本位的滋生漫延阻碍电子化招标
至今某些企业领导与部门对采购权、审批权力仍留恋不已，不放权益，把采购权作为本部门的利益之所在，存着部门利益、个人利益与公共利益的博弈，电子招标平台成了“收发室”现象也就难于避免。因此思想不通、作风不变、管理不善、监管不到位，对网上电子招投标工作存在模糊、不正确的认识，也成了阻碍电子化招投标系统推广、建设服务型企业的重要原因。企业CIO对此现象也很无奈。
另外，我国在电子商务立法方面仍比较滞后，还有信用体系建设有待完善，也是电子化招投标前进中的坎。
如何建立一套可行高效安全的电子化招投标系统?
如今随着信息化、网络化的发展，电子招投标是建设阳光型企业、全面提高竞争力的必然之路，然而面对以上种种问题与困境，企业CIO如何完善相关的程序，规范有关的管理制度，建立一套安全可行高效的电子招标系统，确保不因程序问题、制度问题影响招投标活动，以更好更快地全面推进企业IT建设?
系统必须使用统一开放式的数据标准接口
招投系统应采用开放式体系结构，各个模块独立实现，并具有标准开放式的接口，只有使用统一开放式的数据标准接口，才能保证该系统的应用是可跨地区、面向社会的。作为企业招投标管理部门和交易中心，为做好完善对所有招标、投标单位的服务，必须保证评标系统接口的开放性和通用性，同时还要注意简单易用。因此CIO在选型时应选用统一开放式的招投标系统，只有这样才能让使用各种造价软件和其他手段组价的招投标双方，可以最低成本地快速应用电子招标系统。