以Windows Server 2003为例，请点击 “开始” - > “设置” -> “控制面板” -> “添加或删除程序”。 单击“添加/删除 Windows 组件”，在“Windows 组件向导”对话框中，依次双击“应用程序服务器”（或选择“应用程序服务器”，然后单击“详细信息”），双击“Internet 信息服务 (IIS)”（或选择“Internet 信息服务 (IIS)”，然后单击“详细信息”）， 在“Internet 信息服务 (IIS)”对话框中，选中“文件传输协议(FTP)服务”复选框，然后单击“确定”。 在“Windows 组件向导”对话框中，单击“下一步”。如果是在机房配置的话，根据提示插入 Windows 光盘。如果你是远程管理云主机或服务器，你可以在从网上下载一个iis的安装包，解压后，在提示插入Windows 光盘时选择你解压的目录就可以了，一般会提示两次。安装过程完成后，您就可以在 IIS 中使用 FTP 服务了。
下面我们来设置需要管理的目录，假设网站路径是“D:WebSiteSiteA”。首先打开IIS管理器，在FTP站点中我们会看到有一个默认FTP站点，把这个默认的FTP站点停止或删除（修改默认设置是服务器安全策略的一部分）。右键单击“FTP站点”选“新建”选“FTP站点”，下一步，然后输入描述，用来区分是哪个目录的ftp，名字是随便的，只是方便记忆和查找，推荐与网站目录名称相关。然后下一步，选择ip地址和端口，ip地址选你的公网ip，端口这里要改一下，改成啥你自己知道就可以了：）。下一步，建议选择“不隔离用户”，选择隔离账户会产生一个让人蛋疼的问题，在文章最后会有介绍。下一步，路径选择网站的路径“D:WebSiteSiteA”，下一步，给予读取写入权限并下一步，完成。
此刻该虚拟目录还没有全部完成，下面我们要给该虚拟目录分配FTP管理帐号和密码。首先右键单击我的电脑，选“管理”，展开“本地用户组”，在“用户”上面右键选择“新建用户”，输入用户名（这里我用“ftpid”）和密码，描述为IIS FTP，取消用户下次登录时需改密码的选项，把用户不能更改密码和密码永不过期打勾，然后单击创建完成，然后我们来给该帐号分类用户组，右键该帐号属性，点击隶属于，删除USERS用户组，然后点“添加”-〉“高级”-〉“立即查找”，选择GUESTS用户组，并单击两个“确定”。
下面来我们把这个用户分配给我们刚才新建的FTP站点，在刚才新建的站点上右键权限，添加 -〉高级 -〉立即查找，选择“ftpid”并确定，给予修改，写入，读取和运行以及列出文件夹目录权限，单击确定。就基本大功告成了。