有投资者和分析师认为，阿里巴巴提交的超过2000页招股书“遗留”了诸多关键问题，其中包括阿里巴巴旗下几大重要电商网站各自的财务业绩、支付宝业务、该公司最近完成的几项交易发展战略，以及该公司提升包裹递送方式的计划。
许多投资者对阿里巴巴的IPO充满期待，因为这家公司占据了中国80%的电商市场。阿里巴巴披露的财务数据也显示，这是一家拥有很高利润，且在快速成长的公司。
但是，就在一年前，赴美上市的中国互联网公司才刚刚走出中国概念股被指财务造假和未充分披露的阴影。
Forrester研究公司分析师凯兰•威利斯(Kelland-Willis)表示：“我认为，有很多问题并未在阿里巴巴IPO招股书中被披露。国外投资者一直在质疑中国公司的运营方式，他们希望知道更多有关阿里巴巴财务数据的细节和数字。”
不过，阿里巴巴还有时间来解释这些问题。据知情人士透露，这家公司将在今年夏末进行投资者路演。此外，该公司在上市之前，还可能提交招股书补充文件。
尽管自去年以来，投资者对中国概念股的质疑声在逐渐减弱，但中国公司仍面领着投资者对其透明性的质疑。事实上，在过去几年时间，美国SEC已经对超过130家中国公司所披露的财务报表产生过质疑。美国一家法院判定，要求四大会计事务所中国分公司暂停6个月审计中国赴美上市公司客户，目前这几家会计事务所正对此提起上诉。
此外，阿里巴巴公司股权结构也引发了投资者的质疑。尽管阿里巴巴创始人马云持有的股权比 其他 主要股东少，但马云和一个由28位合伙人组成的 “团体” 却拥有绝对董事会董事任免权。不过，该公司IPO招股书中并未披露这28位合伙人的名字，只是提及他们是阿里巴巴管理层或者关联公司的管理层。
阿里巴巴高管控制着支付宝业务，但阿里巴巴集团并未控制支付宝，招股书中也并未披露支付宝财务数据。另外，阿里巴巴也未披露天猫商城和淘宝网的财务数据。不过，该公司在招股书中解释道，这样做的目的是鼓励天猫商城、淘宝网和支付宝业务间的合作。
此外，投资者和分析师也表示，阿里巴巴并未具体说明它们与14家本土物流公司的合作财务数据。招股书中只是提及了，阿里巴巴是通过旗下China Smart Logistics（阿里巴巴持有48%股权）来组织和管理这些物流公司的，合同内容覆盖了数据分享、交付承诺和定价等。
威利斯表示，阿里巴巴对物流比较“模糊”，这实际上也是该公司在与京东商城竞争过程中，所缺失的一个优势。
另外，阿里巴巴对其娱乐产业计划也是含糊其辞。该公司和高管在过去三个月时间斥资近30亿美元投资了在线视频和视频制作公司，但阿里巴巴仅在招股书描述了这些交易，并未解释它们对这几笔交易所作出的规划。该公司在招股书中表示，它们将继续投资数字媒体、移动服务、物流和其他领域。