2月10日，关门上锁的中科红旗北京总部大门上粘贴了一张最新公告，这张公告彻底击破了那些仍然坚守公司工作的员工“拯救中国红旗”的希望。
该公告称：因北京中科红旗软件技术有限公司经营发生严重困难，董事会于2013年12月13日决议从即日起解散公司，并成立清算委员会依法对公司进行清算。2014年1月22日，已成立了清算工作组，具体负责和开展相关清算工作。
13日，21世纪经济报道记者致电中科红旗前总裁刘博，他在电话中说：那已经是10年前的事情了！2003年12月，因与股东意见不合，也因为国产Linux前景堪忧，刘博于董事会提出辞呈，对外宣称“因身体原因离职”。
刘博十分意外，这家成立于2000年以挑战为己任的公司却以清算收场。
中科红旗现任高管接受21世纪经济报道记者采访时则表示：中科红旗落得关门清算，责任并不止在于员工，也不止在于管理层，股东之间的矛盾是根本原因。
中科红旗现有股东包括中科院软件所、赛迪等家股东，有7位董事，其中两位董事来自于大股东中科院软件所。按公司章程，对于公司重大事项，7位董事有一票否决权，8家股东意见经常不一样，没有任何战略可以得到贯彻执行。
这位高管一直在坚守，近一年的目标是维系公司生存；公司关门上锁后，则忙于为员工维权。在公司关门上锁前，尽管人心惶惶的日子已经持续了一年，但仍然有58名员工坚持在这里上班，包括公司产品销售、客户服务等工作。
博弈与守望
2013年12月27日，Linuxeden开源社区发布了一封署名魏兵的中科红旗员工写的请愿书—《风雨飘摇，中科红旗路在何方》。请愿书称：自2013年 4 月1日，由于中科院软件所未兑现承诺支付公司承担的核高基专项配套资金，致使公司资金链中断，从而停发全员工资至今。核高基项目是工信部针对核心电子元器件、高端通用芯片及基础软件产品的科技重大专项。
2013年4月，中科红旗的上百名员工被召集起来开会。中科红旗总裁贾栋告诉员工们，公司资金链出现问题，当月工资无法如期发放。请愿书称：全员工资停发至今， 在与大股东软件所及 其他 资方多次交涉中，均遭漠视对待。
请愿书称：多次呼吁无果后，职工集体采取法律维权，10月11日完成海淀仲裁院立案，10月22日向中科院北京分院信访办投送呼吁信，11月8日完成海淀法院强制执行立案，但员工们至今也没有拿到总额达到上千万元的工资。
上述高管说：去年4月份以后的工资至今都未发放，至去年12月末，由于长期拖欠物业租金等费用，中科红旗位于北京海淀区紫金大厦的总部被停供水供电。
2013年12月30日，2014年1月3日，中科红旗部分员工拉起“软件所还我核高基专项款，大股东无视员工死活”的横幅到工业信部、中国科学院请愿讨薪。
请愿书中提到：“为了核高基项目的顺利完成，中科红旗预支了本当用于后续公司发展的储备资金及员工薪资预算，以此弥补了课题资金缺口。由此直接导致了中科红旗在2013年3月开始出现资金链匮乏直至彻底断裂。”
请愿书发出不久，中科院软件所于2014年1月6日发布了《关于中科红旗情况的声明》。在声明中，中科院软件所给予了另外一种解释：中科红旗的问题是经营问题，而非核高基课题造成的，核高基课题一般都有产业化指标，随着近两年大批技术人才的流失，中科红旗更不存在需要预支其他经费从事核高基课题工作。
中科红旗从2008年开始申报国家核高基专项至今，共承担了5个课题，其中一个课题牵头，4个课题联合承担。中科红旗牵头的课题为桌面 操作系统 (项目金额7000万元)，共建的四个项目包括 服务器 操作系统，远程教育等，合作共建方为中科院软件所放下的另外一家公司，即中科方德。
上述高管说中科红旗已经完成了桌面操作系统的产业化指标。让他耿耿于怀的是服务器操作系统由中科方德牵头，项目金额为1.9亿元：中科红旗在这方面明显具有优势，因为中科方德是软件所下属项目法人单位，而中科红旗则由8个股东组成，其中包括中科院软件所、赛迪等股东单位。
上述高管说，中科红旗是抱养的，中科方德是亲生的，待遇因此不同。
十四年风雨求存
上述高管说，在中科红旗14年的发展史上，对中科红旗的破产清算是各大股东之间唯一意见一致的公告。去年12月13日，软件所提醒股东各方，中科红旗拖欠职工工资，如不及时解决，将引发一系列法律问题。12月13日的中科红旗临时董事会形成决议，成立清算委员会，对中科红旗进行清算。
中科红旗于2000年6月成立，是中科院软件所全资企业科软创新与北京赛迪等8家股东联合投资设立的中外合资企业。注册资本96.2亿美元，科软创新出资39亿美元，占股40.5%，为第一大股东。
根据公司章程规定，一般事项应由出席会议董事三分之二多数同意，代表合资各方的董事对公司重大事项都有法律上的一票“否决权”，这致使公司决策效率极其低下。另外，合资方股权必须经全体合资方同意，其他合资方有一票否决权，合资方股权难以正常流转，很难引进新的投资者。
软件所在公告中称：中科红旗成立10多年来，除部分股东以通股权转让方式收益外，包括软件所/科软创新在内的所有股东都没有得到任何分红。尽管中科红旗在国内Linux操作统统领域曾有较大影响力，但公司经营一直很困难，近十年来时间需要依靠第一大股东中科院软件所额外的输血支持。
软件所曾就修改公司章程，改善法人治理结构，提高决策效率，中外合资转内资改造，股份制改造与上市，增资及对总经理授权等提出议案，但均因个别股东(董事)不断行使否决权，或者故意拖延而没有形成最终决议，无法实施。
资本市场对中科红旗估值一直呈下行趋势。2001年，中科红旗成立约1年，上海联创将股权的5.07%转让给山东九发食用菌股份有限公司时，转让金额为人民币1100万元，估值超过2亿元。2003年11月，中科红旗就酝酿引进最新一轮私募，且出售股权达30%，募集资金5000万元，即估值约为1.67亿元。
中科红旗是在中国科学院软件研究所副所长孙玉芳的主导下成立的，当时的共识是“中国必须拥有自主软件操作系统”，才能在蓬勃发展的计算机产业拥有一席之地。中科红旗成立，孙玉芳一直任公司董事长兼首席科学家。
正因为此，孙玉芳有“红旗旗手”的称号。2005年孙玉芳因病去世，公司运营管理陷入混乱，在争取产业资源方面，与大股东沟通方面也失去了有力支撑。上述高管说，孙玉芳去世，中科红旗成了“没娘的孩子”。
上述高管说，如果中科红旗一直按照孙玉芳当年规划的道路走下去，中国软件产业可能会迎来新的发展：2008年金融危机后，为了节约开支，更多公司与机构开始使用开源Linux操作系统，同时随着云计算、大数据、并行计算的发展，Linux系统被越来越多的公司认可，在此背景下，中科红旗可能赢来转机。
历时十四年，中科红旗最终被大股东遗弃，昔日梦想已被雨打风吹去。
梦断国产OS
桌面操作系统的重要性不言而喻。上述高管说，操作系统相当于高速公路，应用软件相当于跑在高速公路上的车，高速公路不修好，车就跑不起来。他说“金山WPS就是例子”，必须跟着微软的操作系统更新，如何挑战微软office？
正是基于这种判断，孙玉芳当年力主创办中科红旗。
在18号文的支持下，在国产软件采购的推动下，一度中科红旗曾经是政府采购的主力，获得了很多国企、政府订单。另外，中科红旗还获得了很多OEM订单：在保护知识产权、打击盗版的大背景下，监管机构禁止上市电脑裸奔，必须装有操作系统。为了降低成本，联想、戴尔、等公司的电脑都曾预装红旗系统。
中科院指责中科红旗年营收从未过千万元，上述高管认为绝不可能。
事实上，去年4月1日公司宣布解散后，公司很多员工仍然留守公司工作，除了销售，更多是为客户提供各种服务。上述高管说，在软件正版化的推动下，以及优先采购国产软件的政策，很多政府机构都采购了红旗系统，中科红旗破产清算后，这些订单怎么办将成为一个大问题。
上述高管认为软件所别有用心：原以为只要不发工资，员工就会自动离职，没想到虽有大批员工自动离职，最后仍然有员工在公司坚守。据其透露，4月份之前，公司员工数大致为130人，至目前，仍然坚守的员工有58人。在公司年景好的时候，即核高基项目正式启动的2010年，公司员工超过200人。
上述高管说，包括刘博、越晓亮、贾栋在内的历任总裁都有想法，有做一番事业的雄心，但遗憾的是做不成事情。他认为原因有三：一是股东分散，意见难以统一；二是大股东对于公司业务干涉过多；三是管理层没有话语权。据记者调查，包括刘博、赵晓亮、贾栋在内的三任总裁，均不持有公司任何股份。
上述高管说软件所管得过多，统得过死。作为一个有限责任公司，大股东不应包办公司决策，但软件所决定着中科红旗的一切，包括做哪些产品与业务。2005年孙玉芳去世后，公司开始了些软件项目，2008年之后，开始承接核高基项目，逐渐偏离“做中国人自己的操作系统，挑战微软的初衷”。
中科红旗因为“国产OS的梦想”而生，失败的原因是多方面的，首先是中科红旗是计划的产物，而不是市场的产物，政府采购的订单也是政府意志的结果，至于联想、戴尔等预装红旗Linux系统，不过满足市场对低价的需求：用户买了预计红旗Linux系统的电脑，回家卸掉，装上盗版的Windows。
第二个原因则是全球化浪潮下，IT产业是全球分工的产业，一个国家，一个公司都应该在最强的环节发力，联想的成功就证明了这一点，关起门来发展已经不可能。
第三个原因则是中国知识产权环境，所谓“前有盗版，后有微软”，前有盗版更是致命原因，在软件时代，中国没有产生一家成功的企业，用友、金碟是在高度定制化开发的企业领域的成功。