作为Internet上的FTP服务器，系统的安全性是非常重要的，这是建立FTP服务器者所考虑的第一个问题。其安全性主要包括以下几个方面：
一、 未经授权的用户禁止在服务器上进行FTP操作。
二、 FTP用户不能读取未经系统所有者允许的文件或目录。
三、 未经允许，FTP用户不能在服务器上建立文件或目录。
四、 FTP用户不能删除服务器上的文件或目录。
FTP服务器采取了一些验明用户身份的办法来解决上述第一个问题，主要包括以下几个措施：
FTP用户所使用的用户帐号必须在／etc/passwd文件中有所记载（匿名FTP用户除外），并且他的口令不能为空。在没有正确输入用户帐号和口令的情况下，服务器拒绝访问。
FTP守护进程FTPd还使用一个/etc/FTPusers文件，凡在这个文件中出现的用户都将被服务器拒绝提供FTP服务。服务器管理可以建立"不受欢迎"的用户目录，拒绝这些用户访问。
只有在服务器的／etc/passwd文件中存在名为"FTP"的用户时，服务器才可以接受匿名FTP连接，匿名FTP用户可以使用"anonymous"或"FTP"作为用户名，自己的Internet电子邮件地址作为保密字。为了解决上述安全性的另外三个问题，应该对FTP主目录下的文件属性进行管理，建议对每个目录及其文件采取以下一些措施：
FTP主目录：将这个目录的所有者设为"FTP"，并且将属性设为所有的用户都不可写，防止不怀好意的用户删改文件。
FTP/bin目录：该目录主要放置一些系统文件，应将这个目录的所有者设为"root"（即超级用户），并且将属性设为所有的用户都不可写。为保证合法用户可显示文件，应将目录中的ls文件属性设为可执行。
FTP/etc目录：将这个目录的所有者设为"root"，并且将属性设为所有的用户都不可写。将目录下的group文件和passwd文件的属性设为所有用户只读属性，并用编辑器将passwd文件中用户加过密的口令删掉。
FTP/pub目录：将这个目录的所有者置为"FTP"，并且将它的属性设为所有用户均可读、写、执行。
这样经过设置，既保证了系统文件不被删改，又保证了FTP合法用户的正常访问。