安装好FreeBSD之后，便需要根据硬件和计算机的应用需求重新配置FreeBSD的内核。标准内核已经能够满足正常运行FreeBSD的需要，但是不建立针对自己计算机的内核，就不能说完全完成了FreeBSD的配置任务。虽然FreeBSD提供了UserConfig可以来更改内核中硬件资源的，并通过可加载模块以扩展内核能力，但仍然有几个重要的原因使得FreeBSD使用者重新定制内核：
通用内核不能对所有的硬件都进行支持，某些对安装和运行不是至关重要的硬件，如声卡，或者较少用到的硬件，如ATM卡，就没有被编译到通用内核中去。如果用户的计算机上使用了这些硬件，就需要重新编译内核。
某些应用程序和FreeBSD的功能对内核的参数有特殊要求，例如Windows的模拟器Windows Emulation等。重新编译内核能满足这些应用程序对内核参数的特殊要求。
通用内核中有很多不必要的硬件驱动程序，这些程序不仅使启动时自动检测硬件需要的时间变长，并且占用了内存空间。由于内核是系统最重要的部分，将一直驻留在内存中，而不会置换到硬盘上，因此多余的内核驱动程序浪费了宝贵的物理内存，对于系统性能有一定影响。
重新生成内核也可以根据自己的硬件和需求优化内核参数，例如用作服务器和系统和用于工作站的FreeBSD系统的最优参数是不同的，并且通用核心是使用386指令集，而当前计算机一般都是Pentium级，因此可以使用最新的编译器和最优化的编译选项，提高系统性能。
定制内核能够按照硬件和需求量体裁衣，使内核简洁、干净，这是一个提供高效率系统的重要因素。而且在Free BSD下，定制内核并不困难，即使是对系统不太熟悉的使用者，也能够完成定制内核的任务，所需要的只是耐心等待编译过程。在安装好系统之后，应该及时进行定制内核的操作。
为编译内核准备源代码
FreeBSD系统提供内核的源代码，在安装系统时是否安装内核代码与使用的不同安装选项有关。安装后的源代码位于/usr/src/sys目录中，如果这个目录不存在或者为空目录，则说明源代码没有安装。此时就必须重新安装内核源代码。
仍然可以使用/stand/sysinstall程序，选择Distribution选项来安装源代码；也可以运行安装介质中src目录下的install.sh来安装。安装FreeBSD内核源代码之后，习惯上还创建了一个符号连接/sys，指向/usr/src/sys目录，以方便使用。
在拥有了源代码之后，就可以编辑配置文件，进行配置工作了。源代码目录/usr/src/sys下有多个目录，每个FreeBSD支持的设备、文件系统都有自己的目录，以存放相关的源代码。在定制内核的时候，所关系的目录是内核配置文件所在的目录：/sys/i386/conf，i386目录表示是Intel 386体系的计算机，其下的conf目录下就放置着内核的配置文件。