一、相同点
两者的共同点都是为了避免同一个文件被 include 多次，但是 #ifndef #define #endif 不只有这个作用。
在能够支持这两种方式的编译器上，二者并没有太大的区别，但是两者仍然还是有一些细微的区别。
二、收集理解
1.#pragma once
这个是编译器相关，就是说在这个编译系统上能用，在其他编译系统不一定行，即移植性差。不过现在基本上已经是每个编译器都有这个定义了。
此方式由编译器保证同一个文件不会被包含多次。注意：这里所说的“同一个文件”是指物理上的一个文件，而不是指内容相同的两个文件。于是不必再费劲想个宏名了，当然也就可以避免宏的名字冲突问题了。
缺点：如果某个头文件有多份拷贝，本方法不能保证他们不被重复包含。
举例：在一般的 MFC 程序中可以看到
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其中 _MSC_VER 分解如下：
MS：Microsoft（微软）的简写
C：MSC 就是 Microsoft 出的 C 编译器
VER：Version（版本）的简写
#if _MSC_VER > 1000 的意思就是如果编译器版本高于 1000（VC++5.0）
可以看到：在 _MSC_VER 小于 1000 时，它对 #pragma once 是不支持的。
2.#ifndef #define #endif
该方法与 C++ 语言相关，是 C++ 语言中的宏定义，通过宏定义避免文件多次编译。所以在所有支持 C++ 语言的编译器上都是有效的。如果写的程序要跨平台，最好使用这种方式。该方式由于是 C++ 语言本身支持，所以移植性好。它依赖于宏名字不能冲突，这不光可以保证同一个文件不会被包含多次，也能保证内容完全相同的两个文件不会被不小心同时包含。另外，为了保证不同头文件中的宏名不冲突，故采取类似于_ABC_H_的取名方式。其中，abc.h为当前头文件名。
举例：常常在一些头中可以看到
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缺点：如果不同头文件的宏名不小心“撞车”，可能就会导致头文件明明存在，编译器却硬说找不到声明的状况。但这个缺点恰恰是我们可以利用的优点，#ifndef 方式可以通过前面介绍的特殊的宏的取名方式来避免名称冲突问题，于是其缺点也就不复存在了，进而 #ifndef 方式就更常用了。
三、相比之下
1.性能上的区别
使用 #ifndef 的话，编译器每次看到 #include 这个文件都需要读入文件，解析代码； 而使用 #pragma once 编译器根本不会重复打开文件， 大大提高了效率。
2.编码风格上的区别
使用 #pragma once 的代码简洁，显然比 #ifndef 要简短许多，重要的是它避免了头文件标号（如 __myheader_h__ ）的重定义或者 #endif 包含范围错误的情况。
3.语意上的区别
#pragma once 是针对文件的，它告诉编译器，本文件只编译一次。
#ifndef #define #endif 只是针对文件中的某一个标号而言的，它能用于防止三个指令间所包含内容的重复性处理。就这一点而言，后者更灵活。
4.可移植性方面
#pragma once 是微软的开发工具中所使用的，如 .net，vc6 等工具可以完好的支持；
#ifndef #define #endif 是标准里面的一部分，所以对于任何完好支持 C/C++ 的编译器都能使用。显而易见，后者的可移植性更高。
四、引用通告
在总结的过程中，看了一些网页，也引用到其中的一些内容，现给出链接，这里仅供本人学习，谢谢引用到的作者。
原文地址：http://pppboy.blog.163.com/blog/static/3020379620106130528324/