1、选择大量用户使用，官方有技术支持的程序;或者选择冷门的程序，越冷越好。
比如discuz或者dedecms都不错，虽然有各种各样的漏洞层出不穷，但是修补的也快，只要你及时打补丁，网站还是蛮安全的。当然，你也可以剑走偏锋，选择冷门的程序，没有多少人用的程序，当然研究其漏洞的人也少咯，比如安全天使开发的sablog就不错，小众化，而且本身也安全可靠，啥时候见他爆过漏洞呢?
2、有条件的自行对代码进行安全检测和二次开发。
有条件的电商们，一定要对这些开源的程序进行二次开发，二次开发不仅可以满足电子商务需求，还可以修补大量官方未发现的漏洞0day(如sql注入，跨站xss，session欺骗等漏洞)，让你的网站更安全。
3、关闭服务器不必要的服务和进程。越少的服务，越少的攻击。
你啥时候见过freebsd出现过漏洞?相反的，功能强大的window那不是天天出漏洞么?功能越多，就需要在各方面都考虑安全因素，一个点没有考虑到，那就是毁灭性的打击，服务的配置可以按照以下所示进行配置：
web+数据库教程一机服务器：开启web服务;开启iis服务;开启sql/mysql教程服务;安装filezilla ftp服务器软件(不要用serv-u，满是漏洞，你懂的);防火墙通过80、21;1433或3306就不要开启了，连接数据库直接通过本地连接，不要给入侵者任何机会;
数据库单服务器：开启sql/mysql服务;安装filezilla ftp服务器软件(用来上传下载备份数据库);防火墙只通过21端口;
总之就是需要什么就开启什么，不需要的服务和软件一律关闭，端口一定要过滤好。
图示如下：
服务的开启与停用(控制面板---管理工具---服务)：
端口的开启与过滤(控制面板---防火墙)：
4、iis要配置好，目录权限也要配置好。
iis删除不必要的映射，不要给目录执行权限，每个网站对应一个guest权限账户，切忌，不要偷懒所有网站都用同一个账户!!!
配置图示如下：
iis删除映射&目前权限配置：
iis目录账户绑定设置：
做好以上这些基本安全设置后，如果企业网站是access数据库，记得做好防下载设置，另外就是把网站后台管理系统修改的复杂点，并且限制ip访问，同时把网站管理密码，以及跟服务器相关的所有账户密码都设置一个复杂的密码，并且定期更改，当然如果你怕忘记密码的话，可以用将账户密码写到纸上保存，切忌，不要保存在自己私人电脑上!
好了，做了以上基本工作，再给服务器安装一个杀毒软件(360杀毒即可，单独安装杀毒不安装安全卫士)，定期打系统补丁，服务器就安全多了，最起码一些小菜黑客们想入侵你的网站的话，就得下点功夫才行咯。