网站目录是指建立网站的时候所创建的文件目录及所包含的文件所表现出来的结构，类似windows的文件目录结构。网站目录的结构往往容易被很多站长所忽略，但其实网站目录结构的层级对SEO的影响很大：目录层级不能太深，结构要相对简单，这样搜索引擎的访问就更容易。
对于小型网站来说，可以采用将所有网页都放在网站根目录下的扁平式结构。这种单一目录的结构对搜索引擎而言是最为理想的，因为只要一次访问即可遍历。但是对于规模大一些的网站，往往需要二到三层甚至更多层级子目录才能保证文件内容页的正常存储，这种多层级目录也叫做树型结构。即根目录下再细分成多个频道或栏目，然后在每一个目录下面再存储属于这个目录的终极内容网页，这样的好处是维护容易，但是对于搜索引擎的抓取将会显得相对困难些。
对于栏目的优化：笔者鼓励各位站长按不同网站栏目分别建立子目录，且尽量使用意义明确的目录名称。比如可将图片放到/image/，css文件归放到/css/目录，等等。但是注意尽量不要使用中文名称(可以汉语拼音或英文名代替)，但目录名称也不宜太过冗长，URL应该越短越好。比如笔者的114网站目录电脑网络分类我们没有将这个目录命名为/diannaowangluo/，而是使用了/diannao/这样的名称，这样即包含关键词又能保证URL不至于过长。如果你觉得这个关键词组都很重要，一定都要包含的话，建议使用“-”连字符进行分隔，即/diannao-wangluo/。
再来看看页面级文件的优化：最开始笔者也是使用(/栏目名/内容页)的形式，但是经过一段时间的使用发现很多网站会更改网站的主题，这时就需要对网站的分类进行调整。这样操作起来会相对麻烦一些，而且涉及到要更改内容页的URL，对搜索引擎来说也是不友好的。所以权衡之下，我们采用了将网页统一归类于/www/目录下的形式，比如：114网站目录收录A5站长网的URL为：www.114mulu.com/www/admin5_com.asp，这样即在URL中体现了站长网(www.admin5.com)这个网址，而且也方便日后调整网站分类。
最后，笔者在此还要提醒各位站长朋友：域名、目录和页面的权重是不一样的。在关键词排名竞争时，独立域名是最具排名优势的(且一级域名大于二级域名)，目录级其次，最后才是页面级。因此，如果关键词排名前十位的大多数是页面级的站点在竞争，那我们就可以在网站之下建立一个目录来参与竞争;如果前十名都是目录级，那我们就可用域名级来争取排名;如果前十名都是域名级，那就要PK网站的权重和内容质量了。