1、CGI（通用网关接口/Common Gateway Interface）一般是可执行程序，例如EXE文件，和WEB服务器各自占据着不同的进程,而且一般一个CGI程序只能处理一个用户请求。这样，当用户请求数量非常多时，会大量占用系统的资源，如内存、CPU时间等，造成效能低下。
2、ISAPI（Internet Server Application Program Interface）是微软提供的一套面向WEB服务的API接口，它能实现CGI提供的全部功能，并在此基础上进行了扩展，如提供了过滤器应用程序接口。ISAPI应用大多数以DLL动态库的形式使用，可以在被用户请求后执行，，在处理完一个用户请求后不会马上消失，而是继续驻留在内存中等待处理别的用户输入。此外,ISAPI的DLL应用程序和WEB服务器处于同一个进程中，效率要显著高于CGI。
在Windows Server 2003的IIS6下配置ISAPI方式的PHP，配置方法是，在IIS的“WEB服务扩展”中，添加一个新的WEB服务扩展，程序后缀为PHP，ISAPI程序为php5isapi.dll，然后再“环境变量”-“系统变量”中增加变量名PHPRC，数值为php.ini的路径，在Internet信息服务管理器中，选择网站或应用程序的根目录，打开目录属性页（右键选择“属性”），再选择“主目录”。点击“配置”按钮，选择“映射”Tab页。点击“添加...”，在“可执行文件”设为: c:\php\php5isapi.dll，扩展名设为.php，选择“确认文件是否存在”，然后“确定”保存设置。重启服务器即可完成PHP的配置。
3、FastCGI是可伸缩架构的CGI开放扩展，其主要行为是将CGI解释器进程保持在内存中并因此获得较高的性能。传统的CGI解释器的反复加载是CGI性能低下的主要原因，如果CGI解释器保持在内存中并接受FastCGI进程管理器调度，则可以提供良好的性能、伸缩性等。
FastCGI已经集成于IIS7，也支持IIS6，在IIS6中的安装方法可参见微软的官方文档，我这里简单翻译一下。
先点这里下载一个32位的FastCGI extension for IIS，然后将其安装，安装后的文件应该放到system32\inetsrv目录下。
之后打开system32\inetsrv目录，执行下面的语句，其中c:\php为你的PHP目录，可以修改为其他数值。
cscript fcgiconfig.js -add -section:"PHP" -extension:php -path:"c:\php\php-cgi.exe"
在Internet信息服务管理器中，选择网站或应用程序的根目录，打开目录属性页（右键选择“属性”），再选择“主目录”。点击“配置”按钮，选择“映射”Tab页。点击“添加...”，在“可执行文件”设为: c:\windows\system32\inetsrv\fcgiext.dll，扩展名设为.php，选择“确认文件是否存在”，然后“确定”保存设置。
修改php.ini文件，增加如下语句：
fastcgi.impersonate = 1
cgi.fix_pathinfo = 1
cgi.force_redirect = 0
之后打开system32\inetsrv目录，执行以下语句：
cscript fcgiconfig.js -set -section:"PHP" -InstanceMaxRequests:10000
cscript fcgiconfig.js -set -section:"PHP" -EnvironmentVars:PHP_FCGI_MAX_REQUESTS:10000
最后，配置c:\php目录的安全性，使得IIS_WPG组对于这个目录有读取和执行的权限。
这时候，基于FastCGI的PHP就成功配置到IIS6上了。
不过根据我自己的测试，FastCGI的性能比ISAPI的好像高不了多少，不知道Windows Server 2008下的IIS7是不是会好一些。这里是微软提供的基于内置FastCGI的IIS7安装PHP的方法。
isapi的最大缺点在于不稳定，程序故障容易引起整个web服务器崩溃。
国外的一个评测，在Windows IIS 6下，FastCGI性能并不如ISAPI，但在IIS 7下则性能优秀。