(2)过度本位主义，跨部门执行成空话
对于跨部门合作的最大障碍之一，就是">团队成员偏向从本位主义的角度来思考问题。胳膊肘往内弯是人之常情，然而在IT项目中过度保护自己部门业绩及资源的情形下，很容易形成僵局与冲突。
因此，作为跨部门项目，一定要明确和保障跨部门执行力，这是前提。然而，在部门导向的业绩考核压力和利益驱动之下，跨部门团队合作在实际工作中面临重重障碍，其结果要么只是管理层挂在嘴边的空中楼阁，要么时有时无而不甚了了。每个部门都有自己的压力，在思考任何问题时，难免会从自己部门的角度出发。但如果只是考虑自己的部门利益，出现问题和困难的时候就会把难题推给其他部门。
(3)跨部门团队绩效考核难，出人不出力现象多
跨部门团队的考核是邓肯最大的一个心病。例如BPR刚一实施，就出现了麻烦，就是员工及部门间考核矛盾急剧增多。以业务部门为例，往往是一人多岗，有时在协助IT部门进行BPR项目实施，有时还要兼顾业务部门的本职工作，本职岗位的考核制度是已经存在，但协助跨部门BPR项目的职责考核方面则还没有。经常是业务部门的成员因为本职工作而拖BPR项目后脚，邓肯也由于没有评定其它部门成员的考核权力，只能干着急。
三.跨部门项目，路在何方?
(1)明确跨部门618.html">负责人在项目中的掌控职权
对于项目经理而言，跨部门项目管理的最大问题在于对项目资源的掌控权。矩阵式结构中，资源原先是属于各职能部门经理，跨部门项目经理需要通过行政方式获得他们的资源，只有获得比部门经理更高的公司高层的支持与承诺，跨部门负责人才能在项目中的掌控职权。
(2)明确跨部门职责和考核指标
大多数跨部门项目并不成功，根源在于这些跨部门项目的结构、角色和责任并没有明确的定义。当然结果是沟通、协调和决策效率低下、纷繁混乱。只有将责任与相关的职能部门挂钩，并且制定各部门的考核指标,争取分派到各部门经理的头上和资源承诺。
(3)强化跨部门执行力
现在许多跨部门项目都不太成功，或者没有完成既定目标，或者虽然完成目标但绩效很低，主要原因是执行力差的缘故。因此，首先要在跨部门项目中树立起执行力的规则。规定在项目中提倡什么、反对什么、奖励什么、惩罚什么，对每个人和每个部门都是一样。奖励正确的行为，惩罚错误的行为。要做到“有法可依、有法必依”。跨部门项目的一个重要原则就是：永远不要嫌麻烦，不要以为开完会制定了执行政策就没事了，事后应该确保该政策能在跨部门中有效被执行。
(4)以人为中心进行考核
传统的绩效考核，一般都是严格按照部门考核的，针对跨部门项目团队则显得无能为力。只有打破部门考核的标准，建立以人为中心的跨部门考核体系，无论员工在那个部门都可以进行追踪考核。例如在这次BPR项目中原来的考核方法是，每个成员原有的部门经理负责成员的绩效考评，可是成员对原来的办法意见很大。分析其原因，平时项目的运作并不一定是按照部门组织的，而是由领导从各个部门抽调适当的人员组成跨部门的团队。这个时候成员提出：部门经理不如项目负责人了解自己的工作业绩，让部门经理给自己打分不合理。后来把评价者从部门经理变为项目经理，才避免大家因为对考核制度的异议导致不合作。