1.3 局限性
GNS3并非没有限制，Dynamips模拟器只能用于教育，而不能用于生产环境。另外，交换限制在一个适度的命令集内，除非该GNS3项目中集成了一个或者多个物理交换机。幸运的是，IOU弥补了这方面的空白。
1.3.1 组装需求
所有伟大的事情都是要付出代价的，GNS3也不例外。最值得注意的是，GNS3运行虚拟Dynamips路由器时，需要一个或者多个Cisco IOS映像，但GNS3不能提供。映像可以从路由器上复制，或者，如果和Cisco公司有合同，可以使用CCO账号在网上获取。
1.3.2 有限模拟
Dynamips模拟器不能仿真Cisco高级Catalyst交换机中的专用集成电路（ASIC），这对CCNA甚至CCNP影响不大，但是对于需要使用交换机高级特性的Cisco认证互联网专家（CCIE）来说，它是一个妨碍。然而，功能强大的GNS3允许虚拟实验室和真实交换机成为一体，这就大大降低了CCIE实验室的成本，因为大部分实验室是虚拟的，这样配置时更灵活。
当不需要那些高级特性时，可以添加一个像Cisco NM-16ESW这样的交换机模块到虚拟路由器，生成一个简单的三层交换机。这个设备可以满足适度的交换需要，包括VLAN、802.1Q trunking、spanning-tree、EtherChannel，以及使用EIGRP、OSPF、BGP和其他路由协议的多协议路由。最后，Cisco IOU映像可以用于仿真Cisco交换机，并且能够提供比Dynamips交换机模块更多的命令。
1.3.3 不完整的网络性能
GNS3的另外一个限制是网络性能，因为Dynamips模拟器不能提供任何硬件的加速，而且根据使用的IOS和配置不同，吞吐量限制在1.5Mbit/s～800Mbit/s。这看起来是一种限制，但它其实是一件好事，因为它可以防止用户将虚拟化的Cisco硬件放到生产环境中。想象一下，如果仿真设备可在最大吞吐量下运行：每个网络书呆子都可能在便宜的PC上安装虚拟路由器并用到生产环境中，这严重盗窃了Cisco的知识产权。如果这种情况发生，Cisco将不依不饶地追责Dynamips模拟器的开发者，GNS3也不会存在到今天。这个限制对于在教育和测试环境中使用GNS3影响不大。