我们用 Eclipse 开发 Web 项目时，多会用某个插件(如 MyEclipse) 来对 Tomcat 中的应用进行单步调试。而要调试 WAS 下的应用，MyEclipse 也是可以的，但在 MyEclipse 中启动 WAS 比较慢，且需要在本地安装一个 WAS。再有便捷点的方法是用 WSAD (Websphere Studio Application Developer) 或它的升级版 RAD (Rational Application Developer)，它们内置了对 WAS 很好的支持，不过也需要本机安装了 WAS，WSAD/RAD 肥大的身躯自是不必说。若要让 WSAD/RAD 进行远程调试，似乎还得在Server 上安装个 IBM Agent Controller。
实际上 WAS 就支持远程调试的设置，打开它，你只需要用 Eclipse Debug 中的 Remote Java Application 功能连接到服务器上相应端口即行。设置很简单，这样的办法你甚至可以在闲时偷偷的调试一下生产环境的 WAS 应用以验证测试环境难以/无法重现的问题。具体做法如下(WAS 5.x 和 6.x 下的操作基本相同)：
一：配置 WAS，打开调试服务
进到 WAS(或ND) 的管理控制台，在服务器->应用程序服务器中，点击要启用调试服务的应用服务器，然后进入调试服务，勾选上启动(指定当服务器启动时服务器是否将尝试启动指定的服务。)。JVM 调试端口默认为 7777，注意该端口不能有冲突(如有多个应服务器要启用调试服务时，需要指定别的端口)。其他选项默认，或根据实际来设定。
确定、保存后重启应用服务器，WAS Base 版需要回到操作系统下重启，如果是在 ND 管理控制台下，可直接在页面中重启应用服务器。
二：配置 Eclipse，使用远程调试
Eclipse 的菜单 Run -> Open Debug Dialog 窗口中，右击 Remote Java Application->New，在右方的 Conect 标签页中，选择你要调试的 Project(即发布到 WAS 下启用了调试服务的，在你的 Eclipse 中存在的项目)，Host 填上 WAS 服务器的 IP，Port 就是前面的 JVM 调试端口。其他两个标签页 Source/Common 可留意下。
点击 Debug 按钮，这时候 Eclipse 即处理于侦听 WAS 服务器的 JVM 调试端口的状态。
三：打上断点，调试应用
在你的 Eclipse 中的项目(注意，该项目已部署到 WAS 上的) 要调试的代码行中打上断点，然后可以在网页上浏览 WAS 上的该应用。当执行到所在断点的代码行时，Eclipse 就会停在该行上，让你尽情的 F5/F6 的跳，像平时那样 Watch/Inspect/Display表达式或变量。
其他缺点就是：
1）观察不到控制台的输出，还得看 WAS 的 SystemOut.log 文件或日志文件。
2）JSP 文件无法调试，因为定位不到原码，并且这种方式也不足以聪明。
3）代码更新后，需手工把类文件或 JSP 文件拷到 WAS 的相应目录下。
4）启动了调试服务后，严重影响功能，通过鼠标点击就能感觉到，所以正式系统上完事后赶紧关了该功能。