FreeBSD将文件保存在磁盘等存储设备上，由操作系统来具体处理访问硬件设备的问题，用户只需要面对操作系统，就能进行具体的文件操作。操作系统首先将用于存储的设备进行格式化之后，该设备才能用于存储文件，这个设备可以是软盘，可以是一个硬盘分区，或者其他允许随机存取的块设备存储介质。在Unix上将格式化后的存储设备统称为文件系统，格式化的过程称为创建文件系统。（由于磁带是一种顺序存取的设备，因此在磁带上不能创建文件系统。）
对于不同介质、不同的操作系统对磁盘进行格式化和管理的方式也不同，这样就形成了不同类型的文件系统。但操作系统给用户提供了一种标准的通用存取方式，这样在存取文件时就不需要考虑是在对哪种文件系统进行操作。但是不同的文件系统仍然有一些差异，例如光盘文件系统是只读介质，还有一些文件系统并非为Unix系统而设计的，因此文件名、文件属性等标准就与Unix不同，FreeBSD在访问这些文件系统时尽量转换这些差别，补充这些文件系统没有、但Unix 标准文件系统需要的属性。这样这些文件系统就与标准文件系统看起来完全相同，只是某些操作受文件系统本身的物理限制，例如企图将光盘上文件加上写属性，显然无法完成。FreeBSD支持多种文件系统，其中最常见的有：
UFS文件系统：是FreeBSD上的标准文件系统，它实现了所有的标准文件属性，如文件属主和组、存取权限等属性。
cd9660文件系统：支持ISO 9660格式的CD-Rom，这种格式只支持8位基本长度3位扩展长度、不区分大小写的文件名，但FreeBSD支持它的Rock Ridge扩展，使其能使用Unix风格的长文件名。
NFS文件系统：网络文件系统，通过它Unix能在网络上共享文件系统。
msdos文件系统：DOS和Windows使用的FAT文件系统，基本上是使用8.3的文件名，Windows95 之后扩展了文件名的长度，但仍然不区分大小写。FreeBSD支持Windows95的长文件名扩展和FAT 32格式的分区。
ext2fs文件系统：Linux使用的文件系统，这个类型不是缺省支持的文件系统，需要重新配置内核。
NTFS文件系统：Windows NT使用的文件系统，这个类型同样需要重新配置内核。
在个人计算机的硬盘管理方式中，文件是直接放在硬盘的分区中，而FreeBSD使用的UFS文件系统则又在基本分区中进行了划分，文件系统建立在BSD风格的子分区中。这样每个UFS分区中能有多个文件系统，每个文件系统或交换空间各有一个标签（DiskLabel），来标识其本身的起始和结束。当真正要使用文件系统时，就需要获得硬盘上文件系统（UFS分区和分区内部各个文件系统的DiskLabel）的具体信息。这些硬盘上文件系统的信息应该由管理员维护，同时也记录在硬盘上，可以使用FreeBSD中的系统工具fdisk和disklabel，或者安装程序Sysinstall ，来获得保存在硬盘本身中的信息。
当使用Sysinstall中的Fdisk和Disklabel来分区和划分磁盘空间时，当用户完成操作之后，应该使用W命令将改变写入磁盘之后再退出Fdisk或Disklabel。
与Sysinstall不同，命令行的fdisk和disklabel为交互模式，而非sysinstall 的全屏幕界面，因此较为难用一些。使用硬盘名称作为fdisk的参数，fdisk将报告硬盘上所有四个分区的详细信息：
# fdisk wd0
******Working on device /dev/rwd0 ******
parameters extracted from in-core disklabel are:
cylinders=525 heads=255 sectors/track=63 (16065 blks/cyl)
parameters to be used for BIOS calculations are:
cylinders=525 heads=255 sectors/track=63 (16065 blks/cyl)
Media sector size is 512
Warning: BIOS sector numbering starts with sector 1
Information from DOS bootblock is:
The data for partition 1 is:
sysid 6,(Primary ‘big’ DOS (>32MB))
start 16065, size 2056320 (1004Meg), flag 80
beg: cyl 1/ sector 1/ head 0;
end: cyl 128/ sector 63/ head 254
The data for partition 2 is:
sysid 7,(OS/2 HPFS, QNX or Advanced UNIX)
start 2072385, size 1044225 (509Meg), flag 0
beg: cyl 1/ sector 1/ head 0;
end: cyl 128/ sector 63/ head 254
The data for partition 3 is:
sysid 165,(FreeBSD/NetBSD/386BSD)
start 3116610, size 2024190 (988Meg), flag 0
beg: cyl 1/ sector 1/ head 0;
end: cyl 128/ sector 63/ head 254
The data for partition 4 is:
sysid 5,(Extended DOS)
start 5140800, size 3293325 (1608Meg), flag 0
beg: cyl 1/ sector 1/ head 0;
end: cyl 128/ sector 63/ head 254
从这个fdisk的执行结果中可以看出这个硬盘的四个分区分别为不同的操作系统所占用，第一个分区为DOS基本分区，第二个标识为HPFS，事实上它是NTFS分区，第三个分区wd0s3为BSD分区，而第四个分区为扩展分区。因此就可以针对第三个FreeBSD系统分区，使用disklabel来检查其上的BSD子分区信息。
# disklabel wd0s3
# /dev/rwd0s3c:
type: ESDI
disk: wd0s3
label:
flags:
bytes/sector: 512
sectors/track: 63
tracks/cylinder: 255
sectors/cylinder: 16065
cylinders: 126
sectors/unit: 2024190
rpm: 3600
interleave: 1
trackskew: 0
cylinderskew: 0
headswith: 0 # milliseconds
track-to-track seek: 0 # milliseconds
drivedata: 0
8 partitions:
# size offset fstype [fsize bsize bps/cpg]
a: 65536 0 4.2BSD 0 0 0 # (cyl. 0 - 4*)
b: 151248 65536 swap # (cyl. 4*- 13*)
c:2024190 0 unused 0 0 0 # (cyl. 0 - 125)
e: 61440 216784 4.2BSD 0 0 0 # (cyl. 13*- 17*)
f:1745966 278224 4.2BSD 0 0 0 # (cyl. 17*- 125*)
可以看出disklabel除了显示各个子分区a-f之外，还显示了硬盘的参数。事实上BSD的分区管理工具要早于个人计算机的分区概念，而disklabel是BSD的分区管理工具，并不需要fdisk的帮助就能完成所有的磁盘管理操作。fdisk是用于将FreeBSD与其他操作系统进行兼容的目的，它是使用个人计算机分区概念的系统工具。如果一个硬盘不被其他个人计算机操作系统访问，完全可以抛弃fdisk，而仅仅使用disklabel和BSD传统风格的设备文件，来运行FreeBSD。