简要介绍来自官网。
简要介绍:MyIsam
MyISAM是 默认存储引擎。它基于更老的ISAM代码，但有很多有用的扩展。（注意MySQL 5.1不支持ISAM）。
每个MyISAM在磁盘上存储成三个文件。第一个文件的名字以表的名字开始，扩展名指出文件类型。.frm文件存储表定义。数据文件的扩展名为.MYD (MYData)。索引文件的扩展名是.MYI (MYIndex)。
简要介绍:InnoDB
InnoDB给MySQL提供 了具有提交，回滚和崩溃恢复能力的事务安全（ACID兼容）存储引擎。InnoDB锁定在行级并且也在SELECT语句提供一个Oracle风格一致的非锁定读。这些特色增加 了多用户部署和性能。没有在InnoDB中扩大锁定的需要，因为在InnoDB中行级锁定适合非常小的空间。InnoDB也支持FOREIGN KEY强制。在SQL查询中，你可以自由地将InnoDB类型的表与其它MySQL的表的类型混合起来，甚至在同一个查询中也可以混合。
InnoDB是为处理巨大数据量时的最大性能设计。它的CPU效率可能是任何其它基于磁盘的关系数据库引擎所不能匹敌的。
InnoDB存储引擎被完全与MySQL服务器整合，InnoDB存储引擎为在主内存中缓存数据和索引而维持它自己的缓冲池。InnoDB存储它的表＆索引在一个表空间中，表空间可以包含数个文件（或原始磁盘分区）。这与MyISAM表不同，比如在MyISAM表中每个表被存在分离的文件中。InnoDB 表可以是任何尺寸，即使在文件尺寸被限制为2GB的操作系统上。
InnoDB默认地被包含在MySQL二进制分发中。Windows Essentials installer使InnoDB成为Windows上MySQL的 默认表。
InnoDB被用来在众多需要高性能的大型数据库站点上产生。著名的Internet新闻站点Slashdot.org运行在InnoDB上。Mytrix, Inc.在InnoDB上存储超过1TB的数据，还有一些其它站点在InnoDB上处理平均每秒800次插入/更新的负荷。
现在我们知道了关于MyISAM和InnoDB的特性了，现在我们来对它们进行优化
key_buffer_size – 这对MyISAM表来说非常重要。如果只是使用MyISAM表，可以把它设置为可用内存的 30-40%。合理的值取决于索引大小、数据量以及负载。
记住，MyISAM表会使用操作系统的缓存来缓存数据，因此需要留出部分内存给它们，很多情况下数据比索引大多了。尽管如此，需要总是检查是否所有的 key_buffer 都被利用了。
.MYI 文件只有 1GB，而 key_buffer 却设置为 4GB 的情况是非常少的。这么做太浪费了。如果你很少使用MyISAM表，那么也保留低于 16-32MB 的 key_buffer_size 以适应给予磁盘的临时表索引所需。
innodb_buffer_pool_size – 这对Innodb表来说非常重要。Innodb相比MyISAM表对缓冲更为敏感。MyISAM可以在默认的 key_buffer_size 设置下运行的可以，然而Innodb在默认的 innodb_buffer_pool_size 设置下却跟蜗牛似的。由于Innodb把数据和索引都缓存起来，无需留给操作系统太多的内存，因此如果只需要用Innodb的话则可以设置它高达 70-80% 的可用内存。如果你的数据量不大，并且不会暴增，那么无需把 innodb_buffer_pool_size 设置的太大了。
innodb_additional_pool_size – 这个选项对性能影响并不太多，至少在有差不多足够内存可分配的操作系统上是这样。不过如果你仍然想设置为 20MB(或者更大)，因此就需要看一下Innodb其他需要分配的内存有多少。
innodb_log_file_size 在高写入负载尤其是大数据集的情况下很重要。这个值越大则性能相对越高，但是要注意到可能会增加恢复时间。我经常设置为 64-512MB，跟据服务器大小而异。innodb_log_buffer_size 默认的设置在中等强度写入负载以及较短事务的情况下，服务器性能还可以。如果存在更新操作峰值或者负载较大，就应该考虑加大它的值了。如果它的值设置太高 了，可能会浪费内存。它每秒都会刷新一次，因此无需设置超过1秒所需的内存空间。通常 8-16MB 就足够了。越小的系统它的值越小。
innodb_flush_logs_at_trx_commit 是否为Innodb比MyISAM慢1000倍而头大？看来也许你忘了修改这个参数了。默认值是 1，这意味着每次提交的更新事务（或者每个事务之外的语句）都会刷新到磁盘中，而这相当耗费资源，尤其是没有电池备用缓存时。很多应用程序，尤其是从 MyISAM转变过来的那些，把它的值设置为 2 就可以了，也就是不把日志刷新到磁盘上，而只刷新到操作系统的缓存上。日志仍然会每秒刷新到磁盘中去，因此通常不会丢失每秒1-2次更新的消耗。如果设置 为 0 就快很多了，不过也相对不安全了。MySQL服务器崩溃时就会丢失一些事务。设置为 2 指挥丢失刷新到操作系统缓存的那部分事务。
table_cache – 打开一个表的开销可能很大。例如MyISAM把MYI文件头标志该表正在使用中。你肯定不希望这种操作太频繁，所以通常要加大缓存数量，使得足以最大限度 地缓存打开的表。它需要用到操作系统的资源以及内存，对当前的硬件配置来说当然不是什么问题了。如果你有200多个表的话，那么设置为 1024 也许比较合适（每个线程都需要打开表），如果连接数比较大那么就加大它的值。我曾经见过设置为 100,000 的情况。
thread_cache – 线程的创建和销毁的开销可能很大，因为每个线程的连接/断开都需要。我通常至少设置为 16。如果应用程序中有大量的跳跃并发连接并且 Threads_Created 的值也比较大，那么我就会加大它的值。它的目的是在通常的操作中无需创建新线程。
query_cache – 如果你的应用程序有大量读，而且没有应用程序级别的缓存，那么这很有用。不要把它设置太大了，因为想要维护它也需要不少开销，这会导致MySQL变慢。通 常设置为 32-512Mb。设置完之后最好是跟踪一段时间，查看是否运行良好。在一定的负载压力下，如果缓存命中率太低了，就启用它。