IO.SYS为WIN9X模式下的重要启动文件，主要控制启动中由机器向操作者之间的重要转换，是WIN9X系统启动的枢纽
IO.SYS位于C:下，和MSDOS.SYS COMMAND.COM共同构成WIN9X的启动核心，通常情况下为系统、只读、隐藏属性。
其中MSDOS.SYS对IO.SYS起配置作用。
IO.SYS是输入输出的驱动文件
这样的文件，你最好不要删，有些文件是系统保护文件，你想删都删不掉
1、IO.SYS的内部启动菜单
Win 9X的IO.SYS由原DOS的系统文件IO.SYS、MSDOS.SYS合并而成，提供标准硬件的输入/输出接口和DOS的中断调 用，功能全面增强，它基本上控制着Win 9X的全部启动过程，是Windows的DOS实模式的核心文件。但它需要根据MSDOS.SYS的设置才能实 现正常的启动过程。
IO.SYS可由启动功能键改变启动过程，这些功能键对应着启动菜单各选项：功能键
对应的启动菜单项 F4：
Previous MS-DOS version F5：
Safe mode Shift+F5： Command prompt only F6：
Safe mode with network support F8：
启动时调出启动菜单 Shift+F8： Step-by-step confirmation 系统启动出现“Starting Windows 95...”时按下功能键即可
IO.SYS在启动时与DOS的最大不同，是提供能满足大多数DOS应用的缺省CONFIG.SYS配置，能够自动加载必要的驱动程序
2、IO.SYS控制下的启动过程
⑴系统启动时，IO.SYS显示“Starting Windows 95...”，此时可由启动功能键选择启动方式。
⑵IO.SYS根据启动菜单选择和MSDOS.SYS的配置确定启动模式。
⑶若使用原DOS系统，IO.SYS自动将DOS和Win 9X的系统启动文件对换，然后由原DOS控制系统启动过程。(即Win 9X的双重启动过程最终是由IO.SYS控制完成的，与引导记录等无关)
⑷IO.SYS根据启动模式先由CONFIG.SYS进行系统硬件配置，若CONFIG.SYS中没有加载Win 9X启动的必需文件(如 HIMEM.SYS、IFSHLP.EXE等)，系统则根据默认设置自动加载。(如果要加载使用扩展内存的驱动程序，如EMM386.EXE等，必须在 CONFIG.SYS第一行加上HIMEM.SYS驱动，否则由于系统此时未提供扩展内存，EMM386.EXE等程序将无法运行)
⑸完成CONFIG.SYS等硬件配置后，IO.SYS通过COMMAND.COM调用AUTOEXEC.BAT进行软件配置。
⑹系统根目录下的BOOTLOG.TXT是由IO.SYS控制完成的，其它一些日志文件多是在安装系统时建立的。
⑺完成DOS启动过程后自动调用Win.COM，开始启动GUI。
是系统重要文件，建议备份，如果被病毒删除的话可以在安全模式下将备份文件恢复