CRM管理控制系统的设计要考虑到组织机构的变化有多种因素及其带来的影响。如组织机构的扁平化、控制的面更宽、授权和员工激励、团队和行动导向的学习、团队精神、市场导向的组织结构、在企业内部的阻力及外部服务、供应商和客户的阻力、国际经营的协调和控制，等等。因此，管理控制系统应具有以下几个主要特征。
1．更重视共享价值观、 一些适合环境并被员工广泛和深入地共享的正确价值观，往往比正式的控制制度更有效。这些价值观诸如客户至上、终身学习、持续改善和提高质量、良好的行为规范、灵活性、团队精神、忠诚信任、尊重事实、及时反应等，以此来推动企业取得有竞争性的胜利。
2．控制中很强调沟通和集中的做法、通过小组、各层次的机构委员会、冲突解决方法、培训项目、信息和沟通技巧及双向勾通等来统一分散的组织。
3．强调全方位的奖励、其中包括正式的物质奖励、提升和非正式的奖励及企业价值对员工的行为和表现的认同和鼓励。
4．在控制过程中应强调相对新的工具和过程、这将有助于在过程中提高决策能力，提高企业的竞争力和控制系统的总体功能。这些新的工具包括全面质量管理、目标成本技巧、排序比较技巧、及时生产技术。同时，预算、项目管理等技术也非常有价值。
5．要应用有效的方法来衡量绩效、可应用顾客满意度、员工满意度、效率、供应商绩效及有关质量、循环周期、周期缩短等方法来直接衡量绩效的好坏。
6．要考虑控制系统的道德观、这是管理控制系统成功的基础。在企业里相互信任是控制系统成功很关键的要素。当控制系统对企业和投资者促进公平时，这一系统就会增加信任。而信任也会减少与控制系统有关的成本和增加控制系统的有效性。这些应引起足够的重视。
一个企业生存和发展的条件是企业对员工、客户等要提供足够的吸引力和凝聚力，这样才能获得投资者的资本、员工的人力、供应商的原材料和用户对企业的产品订购单。这个吸引力如果高于外面市场吸引力的平均水平，这个企业生存的空间就更大。优秀的企业有很好的管理控制，能监控和吸引贡献力以能在决策过程和投资者之间取得平衡，并能在竞争环境会威胁吸引贡献力时及时作出反应和行动。由于企业是在动态的不断变化的市场里运作，竞争的激烈和环境的变化要求企业的人员始终能适应和变化。企业为了在动态的环境里保持优势和生存发展，其管理控制系统必须具有创造性、适应性并能及时变化。市场上的一些变化经常会发生，如竞争者的迅速创新会影响公司的客户，信息系统的迅速创新会影响供应商和分发商的关系，全球的竞争会引起的相应变化等，这些都需要企业能有一个有效的、适应性强的管理控制系统。
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