1、USB-HDD ：(占用1个扇区)硬盘仿真模式，DOS启动后显示C：盘，HP(惠普) U盘启动盘制作工具制作的U盘即采用此启动模式。此模式兼容性很高，但对于一些只支持USB-ZIP模式的电脑则无法启动。
电脑启动后首先读取此MBR，然后从指定的激活主分区启动(所以你要启动的分区必须激活，且有指定的引导文件存在)，读入PBR引导扇区，再由引导扇区指定的引导文件，从而启动系统或PE或GRLDR等。。。。
常见引导过程为：MBR → 分区PBR → 引导文件(如：XP的ntldr，VISTA的BOOTMGR ，GRUB的GRLDR。)
2、USB-HDD+ ：(占用1个扇区)增强的USB-HDD模式，DOS启动后显示C：盘，兼容性极高。其缺点在于对仅支持USB-ZIP的电脑无法启动。
电脑启动后首先读取此MBR，然后从指定的激活主分区启动，读入PBR引导扇区，再由引导扇区指定的引导文件，从而启动系统或PE或GRLDR等。。。。
引导过程为：MBR → 分区PBR → 引导文件
3、USB-ZIP： 大容量软盘仿真模式，DOS启动后显示A盘，FlashBoot制作的USB-ZIP启动U盘即采用此模式。此模式在一些比较老的电脑上是唯一可选的模式，但对大部分新电脑来说兼容性不好，特别是大容量U盘。
引导过程为：分区PBR → 引导文件
4、USB-ZIP+ ：(占用1个扇区)增强的USB-ZIP模式，支持USB-HDD/USB-ZIP双模式启动(根据电脑的不同，有些BIOS在DOS启动后可能显示C：盘，有些BIOS在DOS启动后可能显示A：盘)，从而达到很高的兼容性。其缺点在于有些支持USB-HDD的电脑会将此模式的U盘认为是USB-ZIP来启动，从而导致4GB以上大容量U盘的兼容性有所降低。
引导过程为：MBR → 分区PBR → 引导文件
5. USB-FDD： 是指把U盘模拟成软驱模式，启动后U盘的盘符是A：，
引导过程为：分区PBR → 引导文件
6、USB-CDROM： 光盘仿真模式，DOS启动后可以不占盘符，兼容性比较高，新老主板一般都可以。优点可以像光盘一样使用(如，进行Windows系统安装)。缺点，把U盘量产成该模式时，我们将失去对这部分U盘空间的写权利，剩余空间会被识别成为一个独立的U盘，可以为Removable盘，当然也可以做成Fixed盘，进一步分区。制作时一般需要具体U盘型号/批号所对应的量产工具来制作。