当安全模式打开的时候，以下函数列表的功能将会受到限制：
chdir , move_uploaded_file, chgrp, parse_ini_file, chown, rmdir, copy, rename, fopen, require, highlight_file, show_source, include, symlink, link, touch, mkdir, unlink
同样的，一些php扩展中的函数也将会受到影响。(加载模块：在安全模式下dl函数将被禁止，如果要加载扩展的话，只能修改php.ini中的扩展选项，在php启动的时候加载)
在php安全模式打开的时候，需要执行操作系统程序的时候，必须是在safe_mode_exec_dir选项指定目录的程序，否则执行将失败。即使允许执行，那么也会自动的传递给escapeshellcmd函数进行过滤。
以下执行命令的函数列表将会受到影响：
exec, shell_exec, passthru, system, popen
另外，背部标记操作符(`)也将被关闭。
当运行在安全模式下，虽然不会引起错误，但是 putenv 函数将无效。同样的，其他一些尝试改变php环境变量的函数set_time_limit, set_include_path等也将被忽略。
1、所有输入输出函数（例如fopen()、file()和require()）的适用会受到限制，只能用于与调用这些函数的脚本有相同拥有者的文件。例如，假定启用了安全模式，如果Mary拥有的脚本调用fopen(),尝试打开由Jonhn拥有的一个文件，则将失败。但是，如果Mary不仅拥有调用 fopen()的脚本，还拥有fopen()所调用的文件，就会成功。
2、如果试图通过函数popen()、system()或exec()等执行脚本，只有当脚本位于safe_mode_exec_dir配置指令指定的目录才可能。
3、HTTP验证得到进一步加强，因为验证脚本用于者的UID划入验证领域范围内。此外，当启用安全模式时，不会设置PHP_AUTH。
4、如果适用MySQL数据库服务器，链接MySQL服务器所用的用户名必须与调用mysql_connect()的文件拥有者用户名相同。
1) 打开php的安全模式
php的安全模式是个非常重要的内嵌的安全机制，能够控制一些php中的函数，比如system()，
同时把很多文件操作函数进行了权限控制，也不允许对某些关键文件的文件，比如/etc/passwd，
但是默认的php.ini是没有打开安全模式的，我们把它打开：
safe_mode = on
(2) 用户组安全
当safe_mode打开时，safe_mode_gid被关闭，那么php脚本能够对文件进行访问，而且相同
组的用户也能够对文件进行访问。
建议设置为：
safe_mode_gid = off
如果不进行设置，可能我们无法对我们服务器网站目录下的文件进行操作了，比如我们需要
对文件进行操作的时候。
(3) 安全模式下执行程序主目录
如果安全模式打开了，但是却是要执行某些程序的时候，可以指定要执行程序的主目录：
safe_mode_exec_dir = D:/usr/bin
一般情况下是不需要执行什么程序的，所以推荐不要执行系统程序目录，可以指向一个目录，
然后把需要执行的程序拷贝过去，比如：
safe_mode_exec_dir = D:/tool/exe
但是，我更推荐不要执行任何程序，那么就可以指向我们网页目录：
safe_mode_exec_dir = D:/usr/www
(4) 安全模式下包含文件
如果要在安全模式下包含某些公共文件，那么就修改一下选项：
safe_mode_include_dir = D:/usr/www/include/
其实一般php脚本中包含文件都是在程序自己已经写好了，这个可以根据具体需要设置。
(5) 控制php脚本能访问的目录
使用open_basedir选项能够控制PHP脚本只能访问指定的目录，这样能够避免PHP脚本访问
不应该访问的文件，一定程度上限制了phpshell的危害，我们一般可以设置为只能访问网站目录：
open_basedir = D:/usr/www
(6) 关闭危险函数
如果打开了安全模式，那么函数禁止是可以不需要的，但是我们为了安全还是考虑进去。比如，
我们觉得不希望执行包括system()等在那的能够执行命令的php函数，或者能够查看php信息的
phpinfo()等函数，那么我们就可以禁止它们：
disable_functions = system,passthru,exec,shell_exec,popen,phpinfo
如果你要禁止任何文件和目录的操作，那么可以关闭很多文件操作
disable_functions=chdir,chroot,dir,getcwd,opendir,readdir,scandir,fopen,unlink,delete,
copy,mkdir,rmdir,rename,file,file_get_contents,fputs,fwrite,chgrp,chmod,chown
以上只是列了部分不叫常用的文件处理函数，你也可以把上面执行命令函数和这个函数结合，
就能够抵制大部分的phpshell了。
(7) 关闭PHP版本信息在http头中的泄漏
我们为了防止黑客获取服务器中php版本的信息，可以关闭该信息斜路在http头中：
expose_php = Off
比如黑客在 telnet www.target.com 80 的时候，那么将无法看到PHP的信息。
(8) 关闭注册全局变量
在PHP中提交的变量，包括使用POST或者GET提交的变量，都将自动注册为全局变量，能够直接访问，
这是对服务器非常不安全的，所以我们不能让它注册为全局变量，就把注册全局变量选项关闭：
register_globals = Off
当然，如果这样设置了，那么获取对应变量的时候就要采用合理方式，比如获取GET提交的变量var，
那么就要用$_GET['var']来进行获取，这个php程序员要注意。
(9) 打开magic_quotes_gpc来防止SQL注入
SQL注入是非常危险的问题，小则网站后台被入侵，重则整个服务器沦陷，
所以一定要小心。php.ini中有一个设置：
magic_quotes_gpc = Off
这个默认是关闭的，如果它打开后将自动把用户提交对sql的查询进行转换，
比如把 ' 转为 '等，这对防止sql注射有重大作用。所以我们推荐设置为：
magic_quotes_gpc = On