OA中最广为人知的功能是公文管理，最核心的却是工作流。OA的工作流程子系统的主要功能包括流程定制、流程门户、发起流程、待发流程、流程监控、办结查阅、流程代理、流程转办等。通过OA工作流，以管理和制度为中心，规范了各单位的分工和协作秩序，并且对业务过程进行关注、监控、催办，对业务结果进行统计、查询和分析。
然而，除此以外OA工作流程还有另一项重大任务，就是对责任进行监控，精准定位、环环把关。
首先，用户可将组织日常使用到的流程表单直接导入到OA中，或者另行自定义流程表单。选择应用的表单进行节点与权限设置，方便以后将特定的信息发往特定的人。在设置表单时，为了让责任分配更加明确，九思OA提供了纯B/S的，从设计、应用、优化到门户展现全方位的图形化自定义，实现企业流程地图的设计，通过个性化授权，可以将常用的流程推送的个人门户，方便调用；通过规范、表单和流程的集成，可以使得员工运用制度和流程时免学习；并且该模块对企业的流程管理遵循PDCA管理法则，从发起流程到在办监控、办结查阅和效率分析进行闭环管理。
责任明确之后便是对责任的监管。OA系统将处理过的流程节点以不同的颜色标识、以流程日志的方式显示每个节点接收和处理的时间，实现了每个流程的痕迹保留，从而将每个人的处理动作以图形和文字的形式展现出来，有效防止责任追溯无据、扯皮推诿等影响工作效率与企业文化的问题出现。
传统办公中，当工作出现问题，特别涉及到多部门多节点的工作出现问题时，往往很难找到问题责任人，即使找到了目标责任人也无可考证据，无法对其实施惩罚。OA的出现恰好解决了这一管理难题，OA将流程负责人以图形和文字的形式固定下来，并将其处理动作记录在案，一旦工作出现纰漏便可很容易的追本溯源，找到症结所在，大大提高了工作效率和管理成本。
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