FreeBSD将XFree86作为了操作系统的基本组件，可以在安装系统时选择安装。在安装系统时进行的组件选择时，按照对不同组件的选择，例如选择X-User 或X-Developer选项，将安装Xfree86系统。系统安装时还会提示用户立即设置 XFree86，但是由于FreeBSD的初始运行与图形界面关系并不大，因此这个设置工作可以在安装系统之后的任何时候进行，而并非必须在初始安装时进行。
如果在初始安装时没有安装XFree86，也能够在整个安装系统安装完成之后再进行安装。此时可以从安装介质中手工安装二进制组件，或者自己从Xfree86 主页（http://www.xfree86.org）或FreeBSD站点种下载XFree86的最新版本，重新编译并安装。XFree86的安装文件放置在安装介质根目录的/XF86333目录中，安装时仅仅需要将相关文件解开到/usr/X11R6目录下就行了。可以使用sysinstall 或这个目录下的install.sh程序来帮助安装。
在XFree86的较早版本中，其设置是一个十分困难的问题。因为显示卡种类很多，而且每个卡的参数种类也繁多，要正确设置XFree86，就必须对这些硬件有较深的了解。最早的时候需要手工更改配置文件，后来XFree86提供了一个交互式的命令行配置程序xf86config，来帮助使用者配置X Window。但是这个程序只是简单的提示使用者输入相关信息，并且一个选项一旦确定，就不能回溯回去进行修正。因此，如果是第一次使用xf86config来配置XFree86的话，毫无疑问将会遇到种种问题。
幸而在后来的XFree86中，XFree86的开发者又提供了另一个配置程序： XF86Setup，它首先启动16色的标准VGA模式的X Window，再执行图形界面的设置程序，通过图形界面提供了一种更为容易的方式来设置XFree86的服务器。
当使用sysinstall程序来设置X Window（选择Configure菜单中的Xfree86），那么它将提示使用者选择XF86Setup和xf86config这两种不同的设置方法。注意这个选项中的PC98是指日本生产的一种特殊计算机硬件类型，而非标准硬件中的主板PC98规范，因此使用标准PC的使用者不需要使用这个设置选项。
如果不使用sysinstall来启动设置程序，也可以手工在命令行中输入（必须是以root权限）相应的命令：
# /usr/X11R6/bin/XF86Setup
或
# /usr/X11R6/bin/xf86config
使用不同的命令将启动相应的设置程序。