VMD 是 Visual Molecular ">Dynamics 的缩写，是一个生物系统的视觉化分析工具，如蛋白质、核酸、脂双层组件等。VMD可以用来查看一般的分子，读取标准的蛋白质数据库（PDB）文件，并显示所包含的结构。
VMD 提供了各种渲染和着色分子的方法，包括：简单的点和线、CPK球体和圆柱体、licorice bonds、backbone tubes and ribbons、卡通绘画和其他。VMD可用于动画和分析的分子动力学（MD）模拟的轨迹，在特殊情况下，可以充当外部MD方案作为一个图形化的前端显示和远程计算机上进行模拟动画分子，它使用大型结构的高性能渲染的OpenGL和OpenGL可编程着色语言。
VMD 1.9.1该版本添加一个新的“QuickSurf”分子表面允许分子动力学轨迹进行动画。运行了一个新的图形界面允许从ProPKA的结果将显示在VMD的交互。包含一个新的Android手机/平板遥控。其他许多新的和更新的插件描述VMD的主页上。
软件信息：http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
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