Linux环境中，安装好mysql后，还不能直接启动服务，必须先对数据库进行初始化。初始化的工作主要包括：
初始化日志、表空间等数据库必须的文件；
创建并初始化系统数据库(mysql)。
初始化完成后，启动mysqld守护进程，方可访问数据库。
在Windows的环境下，安装包内已经自带了一个初始化好的环境，安装后展开在mysql根目录的data子目录。所以并不需要手工进行初始化。但是某些情况下，也可能需要从零开始初始化数据库，比如：
数据文件被破坏，需要重建；
希望保留现有环境不动，建立一个新的环境；
希望建立一个干净的环境。
不幸的是，Linux环境下是利用mysql_install_db.sh脚本初始化数据库环境的；而在windows版中并没有提供相应的脚本。那么该怎么办呢？
经过对Linux环境下的mysql_install_db.sh的分析，发现初始化数据库的命令主要是以下几行：
mysql_install_db.sh
# Pipe mysql_system_tables.sql to "mysqld --bootstrap"
s_echo "Installing MySQL system tables..."
if { echo "use mysql;"; cat $create_system_tables $fill_system_tables; } | eval "$filter_cmd_line" | $mysqld_install_cmd_line > /dev/null
then
s_echo "OK"
s_echo "Filling help tables..."
# Pipe fill_help_tables.sql to "mysqld --bootstrap"
if { echo "use mysql;"; cat $fill_help_tables; } | $mysqld_install_cmd_line > /dev/null
then
s_echo "OK"
......
其中：
$create_system_tables、$fill_system_tables和$fill_help_tables分别是创建系统数据库、初始化系统数据库中的数据、和初始化帮助数据；
$filter_cmd_line是过滤掉主机名（用于交叉初始化非本机运行数据库环境的情况，可忽略）；
$mysqld_install_cmd_line主要是"mysqld --bootstrap"命令；
分析清楚上述内容，就可以自己手工初始化数据库了。具体步骤如下：
设置mysql配置文件。主要是设置basedir（mysql的home目录，如：/opt/mysql-5.1.40）和datadir（数据库文件目录，如：/var/db/mysql）两个参数。
初始化数据库目录，检查/var/db/mysql和/var/db/mysql/mysql（系统数据库）目录是否存在，若不存在则手工创建之。
准备初始化数据库的sql脚本。将/opt/mysql-5.1.40/share目录下的mysql_system_tables.sql、 mysql_system_tables_data.sql和fill_help_tables.sql三个文件拷贝到/tmp目录下，并在每个文件的最开始插入“use mysql;”一行。
执行下列命令，初始化数据库：
/opt/mysql-5.1.40/bin/mysqld.exe --bootstrap --console < /tmp/mysql_system_tables.sql
/opt/mysql-5.1.40/bin/mysqld.exe --bootstrap --console < /tmp/mysql_system_tables_data.sql
/opt/mysql-5.1.40/bin/mysqld.exe --bootstrap --console < /tmp/fill_help_tables.sql
运行/opt/mysql-5.1.40/bin/mysqld.exe启动数据库服务（注意：停止数据库服务的命令是/opt/mysql-5.1.40/bin/mysqladmin.exe -uroot shutdown）。
运行/opt/mysql-5.1.40/bin/mysql.exe -uroot，访问数据库服务，验证数据库是否正常。(www.3lian.com)
至此数据库已初始化完毕，可以正常访问了。