其实这三种编程技术各有优势，我们大概可以从语言、平台这二点来区分：
一、语言：
PHP：PHP产生与1994年，其语法混合了C、Java、Perl 和他自创的一些编程语法；PHP是嵌入在HTML中执行的；它也是一种解释性语言。早期的PHP并非完全的面向对象编程语言，到了PHP4以后的版本才开始有了面向对象的概念。
JAVA：JAVA产生与1995年，JAVA语言和JAVA平台统称为JAVA；它语法与C语言和C++语言很接近，并且JAVA是面向对象编程语言，JAVA是编译性语言，可以先将JAVA源码编译成.class文件后，在JAVA虚拟机上解释执行。
.NET：在.NET中，多种编程语言支持开发如：VB、C#、F#等等，通常我们都在使用C#编程，C#是为.NET平台专们打造的一种编程语言，产生与2000年。其语言语法和JAVA、C、C++相近，同样也是一种面向对象编程语言。C#同样需要编译为.dll文件，然后由.net框架中CLR编译执行。
语言区分：PHP、JAVA、C#这几天语言最大的区别就是执行方式的不同。其中还有一些语言本身的区别，比如是否为强类型、是否能动态编译、是否为多线程、是否为分布式、是否可移值等等。至于很多人说的性能上的问题，我认为语言本身上的性能问题差异并不大，关建在于写程序的人如何编写的代码。另外，在关于与语言结和的数据库方面也有一定的区别，PHP通常使用MySQL数据库，JAVA通常使用MySQL或Oracle，而C#因为是微软的产物，通常使用与微软相关的数据库Sql Server或Access等，有时候也会用Sqllite数据库。
二、平台：
PHP：一般人在称呼PHP的时候，本身并没有平台和语言的区别。我们用PHP往往只做WEB应用开发，至于桌面应用程序的开发，近年好像PHP出了这种开发平台，但现实应用中几乎看不到。但是不得不说，PHP在WEB的表现层应用中，有很好的表现，不论从处理界面布局，或是性能上都有着不错的优势。
JAVA：我们在称呼JAVA的时候，往往说的并不一定是语言本身，而是指JAVA平台。在JAVA平台中，可以使用JAVA语言去开发各种不同的应用开发，比如说：Java SE、Java EE和Java ME，分别用于开发JAVA桌面应用、WEB应用、移动应用等等。
.NET：在.NET这个体系中，语言和平台是有明显区别的，而且一个平台上可以应用多种语言开发，这样就满足了掌握不同语言的程序员可以开发同一个应用程序。在.NET平台中，也像JAVA一样，可以开发不同的应用，比如：WinForm（桌面应用）、控制台应用、ASP.NET（WEB应用）、WPF（新的桌面应用）、WCF（网络通信基础应用）、WEB服务（面向服务编程应用）、ASP.NET MVC3.0（新的WEB应用）、XNA（桌面及手机游戏应用）等等。
平台区分：三种技术平台都可以做我们常用的WEB应用。对于桌面应用来说，PHP并不太适用，JAVA则没有较好的桌面应用的开发工具，这方面.NET平台有较好的优势，不论是Winform还是WPF，都非常适合做桌面应用程序。至于实现一些底层的复杂业务，PHP则不如JAVA和.NET，但是在做前端表现层的时候有着较好的优势。所以很多复杂的大型综合应用，可能会有.NET或者JAVA做数据访问层及业务逻辑层，PHP则用来做表现层。据所说淘宝就是基于这种方式开发的。同时，JAVA与.NET都是可以跨平台的，.NET还能跨语言。
总结：请注意，不论任何编程语言或技术平台，并没有好与不好之分，只有适合与否。在开发不同的项目时需要使用不同的技术。当然做为程序员初学者来说，需要从一种比较容易上手的编程语言及平台学起，培养自己的学习能力、兴趣；基础打扎实，才能在以后日新月异的技术更新中不断成长。