Ubuntu和Windows在很多方面都有不同之处，了解这些不同之处是很必要的。Windows只能运行为Windows而设计的软件，类似地，只有为Linux设计的软件才可以运行在Ubuntu上。相比需要到商店购买一盒一盒的Windows软件，大多数Linux的软件从Internet就可以下载得到。
在缺省的情况下，Ubuntu已经附带了大量有用的软件：
Firefox(火狐)网页浏览器 －因为强大的安全性、多标签、拼写检查、反钓鱼保护和阻止弹出窗口等功能而获得很多荣誉的网页浏览器，可能你已经在使用这款浏览器了。
Evolution mail －一个完整的邮件及个人信息管理软件，它不但可以让你在家发送邮件和管理你的日程安排，而且可以和你的公司的邮件服务器进行同步（而且包括Exchange）。
OpenOffice －可以打开、编辑和保存一些最常用格式的文档、表格、幻灯片和数据库－包括微软的Office、Open``Document、PDF和Flash。
Pidgin Instant Messenger (以前的版本叫做Gaim) －可以跟你所有的朋友聊天，而无论他们使用的是MSN、Yahoo、AIM、Google Chat、IRC还是其他。
Totem Media Player－一个简单、易用的音频和视频播放器。如果你安装了一些非开源的解码器，Totem就能够播放所有常用的媒体格式。
在Ubuntu上，有数以万计的Linux程序等待你的使用。参考以下常用程序的分类列表：
Games（游戏）
Audio and Video applications（音频和视频）
Graphics（图形）
Office productivity software（办公）
Software Development（软件开发）
Scientific Applications（科学应用）
系统管理员可以在 Corporate Ubuntu, UbuntuHelp:Servers和 Ubuntu Server Guide 找到有用的资料。
如果你不能找到某一Windows软件的代替品，你也可以通过安装一些扩展工具使得Ubuntu能够运行Windows的软件。
Windows应用程序 Linux应用程序 描述 DVDShrink K9Copy 支持压缩的DVD备份工具 Nero, Nero Express K3B, GnomeBaker 刻录CD/DVD的工具 iTunes, Winamp, Windows Media Player Amarok, Beep, Exaile, Listen, Rhythmbox, VLC, XMMS 音乐播放器 Logic Audio/Cubase Ardour, RoseGarden 多音轨录音和非线性编辑软件
Winodws只附带有小量的对你有用的软件，而Ubuntu缺省就附带了有用的应用程序，例如office套件、网页浏览器和音频视频播放器。安装额外的软件也是很简单的。在Ubuntu中，软件都是以package(包)的形式存在的，你可以从Ubuntu的软件栏目或者第三方的网站上下载它们。
所有包的安装和更新都是通过相同的方式来进行的（在Winodws上，一些软件例如Acrobat、Java等是通过独立的程序来检查和获取更新版本的）。
当你安装一个包的时候，你不需要回答任何问题，这意味着你安装100个程序就像安装1个程序那么简单。安装的程序包会出现在应用程序菜单中，安装的配置工具会出现在首选项或者系统管理的菜单中。需要更多关于在Ubuntu上安装软件的资料，可以参考 Installing Software。
个人文件
在缺省的情况下，你的文档、相片、音乐、配置和其他个人文件会存放在你的home目录下。点击位置 → 主文件夹来查看你的Home目录， 它也是指向/home/ 你的用户名 这个路径。 应用程序也会把你的个人设定存放在你的Home目录下。
系统的其他部分
在Windows中，每一个硬盘、CD驱动器、软驱和可移动存储器都会被分配一个字母，例如C:、D:或者A:。在Linux中，一个硬盘分区会标记作为'根'或者'/'，而例如CD、DVD和网络共享都会附在（或者'挂载'）到指定的目录下：
当插入CD或者DVD的时候，会出现在/media/cdrom这个目录下，你可以通过点击位置 -> CDROM或者桌面上的快捷方式打开文件管理器来查看里面的内容。
U盘、摄像头和大部分便携式媒体播放器会有它们自己的目录，就在 /media目录下面，例如/media/iPod，你可以点击位置 -> iPod或者桌面上的快捷方式打开文件管理器来查看里面的内容。当你需要移走这些可移动驱动器的时候，根据驱动器的类型来选择 卸载文件卷或者 弹出，这个过程需要花费几秒。
这些文件夹名称比这些'C:'或者'D:'的名字表达更多的含义，使得系统能够容易地增加存储器。你的硬盘空间短缺？移动你的文件到一个便携式USB驱动器，然后把这个驱动器挂载到你的home文件夹，应用程序不会知道其中的区别，因为文件始终都是在相同的文件夹下－甚至那个文件夹就是一个新硬盘。