用root用户启动远程服务一直是安全大忌，因为如果服务程序出现问题，远程攻击者极有可能获得主机的完全控制权。MySQL从3.23.15版本开始时作了小小的改动，默认安装后服务要用mysql用户来启动，不允许root用户启动。如果非要用root用户来启动，必须加上--user=root的参数(./safe_mysqld --user=root &)。因为MySQL中有LOAD DATA INFILE和SELECT ... INTO OUTFILE的SQL语句，如果是root用户启动了MySQL服务器，那么，数据库用户就拥有了root用户的写权限。不过MySQL还是做了一些限制的，比如LOAD DATA INFILE只能读全局可读的文件，SELECT ... INTO OUTFILE不能覆盖已经存在的文件。
本地的日志文件也不能忽视，包括shell的日志和MySQL自己的日志。有些用户在本地登陆或备份数据库的时候为了图方便，有时会在命令行参数里直接带了数据库的密码，如：
shell>/usr/local/mysql/bin/mysqldump -uroot -ptest test>test.sql
shell>/usr/local/mysql/bin/mysql -uroot -ptest
这些命令会被shell记录在历史文件里，比如bash会写入用户目录的.bash_history文件，如果这些文件不慎被读，那么数据库的密码就会泄漏。用户登陆数据库后执行的SQL命令也会被MySQL记录在用户目录的.mysql_history文件里。如果数据库用户用SQL语句修改了数据库密码，也会因.mysql_history文件而泄漏。所以我们在shell登陆及备份的时候不要在-p后直接加密码，而是在提示后再输入数据库密码。
另外这两个文件我们也应该不让它记录我们的操作，以防万一。
shell>rm .bash_history .mysql_history
shell>ln -s /dev/null .bash_history
shell>ln -s /dev/null .mysql_history
上门这两条命令把这两个文件链接到/dev/null，那么我们的操作就不会被记录到这两个文件里了。编程需要注意的一些问题：不管是用哪种程序语言写连接MySQL数据库的程序，有一条准则是永远不要相信用户提交的数据!
对于数字字段，我们要使用查询语句：SELECT * FROM table WHERE ID='234'，不要使用SELECT * FROM table WHERE ID=234这样的查询语句。MySQL会自动把字串转换为数字字符并且去除非数字字符。如果用户提交的数据经过了mysql_escape_string处理，这样我们就可以完全杜绝了sql inject攻击，关于sql inject攻击请参考下面链接的文章：
http://www.spidynamics.com/papers/SQLInjectionWhitePaper.pdf
http://www.ngssoftware.com/papers/advanced_sql_injection.pdf
各种编程语言该注意的问题：
1)所有Web程序：
a)尝试在Web表单输入单引号和双引号来测试可能出现的错误，并找出原因所在。
b)修改URL参数带的%22 ('"'), %23 ('#'), 和 %27 (''')。
c)对于数字字段的变量，我们的应用程序必须进行严格的检查，否则是非常危险的。
d)检查用户提交的数据是否超过字段的长度。
e)不要给自己程序连接数据库的用户过多的访问权限。
2)PHP：
a)检查用户提交的数据在查询之前是否经过addslashes处理，在PHP 4.0.3以后提供了基于MySQL C API的函数mysql_escape_string()。
3)MySQL C API：
a)检查查询字串是否用了mysql_escape_string() API调用。
4)MySQL++：
a)检查查询字串是否用了escape和quote处理。
5)Perl DBI：
a)检查查询字串是否用了quote()方法。
6)Java JDBC：
a)检查查询字串是否用了PreparedStatement对象。