计算机内自带的磁盘碎片整理程序可以重新整理硬盘上文件和未使用的空间，优化程序加载和运行的速度，提高硬盘的访问速度。但我们在进行磁盘清理的时候却发现磁盘清理的速度很慢，本文在这里建议各用户在进行磁盘清理的时候应注意以下的操作。
一、关闭正在执行的程序
当磁盘碎片整理程序在对磁盘进行碎片整理时，计算机执行其他任务的时候就会表现得很慢，而且在碎片整理过程中，每当其他程序写磁盘后磁盘碎片整理程序必须重新启动。因此为避免磁盘碎片整理程序重新启动太频繁，最好关闭其他程序。
二、禁止重新安排程序
磁盘碎片整理程序在整理磁盘时会重新安排最常用的程序文件，以便能快速启动它们，则为了加速磁盘整理的速度，我们可以禁止重新安排程序。步骤如下：
1．单击“开始”→“程序”→“附件”→“系统工具”，然后单击“磁盘碎片整理程序”，此时系统弹出“选择驱动器”对话框，你可以选择需要整理的磁盘。
2．单击“设置”按钮，系统弹出磁盘碎片整理程序设置对话框，清除“重新安排程序文件以使程序启动得更快”复选框。清除该选项后，磁盘碎片整理程序将按一个连续单元排放所有文件，且不对程序进行优化。这虽加快了整理的速度，但无法保证最快速启动常用程序。单击“确定”按钮。
三、在安全模式下进行碎片整理
我们在正常启动Windows时，系统会自动加载一些自动启动程序，而这些自动启动程序会对磁盘进行读写操作，在一个受干扰的环境下进行磁盘清理不能让磁盘清理发挥其应有的作用。因此我们选择在安全模式中，在安全模式下Windows将启动所需的最少设备驱动程序，不启动任何用户设定的自动启动程序。在这种清静环境下运行磁盘碎片整理程序，则整理过程不受任何干扰,会让磁盘清理的功能得到本质的挥发。
四、调整参数或使用专用软件
如果硬盘的容量或者分区的容量比较小，对其进行碎片整理工作需要的时间不会太长，但对于一些塞满数据的大硬盘和分区来说，则需要一个漫长的等待过程。所以，我们在整理这些大容量的硬盘或者分区时，可以采取下面2种措施:首先可以将windows9x系统自身附带的整理程序中的优化参数关闭，这样可以加快碎片整理的速度，但这种方法的效果可能不会很明显。另外一种方法是，使用专用的碎片整理工具来对硬盘或者分区进行整理，例如笔者目前使用的Vop99软件，其整理磁盘碎片的速度就非常快。如果我们每天都使用Vop99整理磁盘碎片，磁盘将在几分钟内得到优化，系统能够一直保持最佳状态。笔者建议大家使用windows的计划任务程序，设定至少每周自动运行一次Vop99。
五、修改注册表自动关闭屏幕保护
操作步骤如下:首先，在命令行中使用regedit命令打开注册表，定位到"HKEY_CURRENT_USERSoftwareMicrosoftwindowsCurrentVersionApplets"，然后在此路径下寻找是否有"Defrag"键值，如果没有，就新建一个，系统默认情况下都有此键值。在"Defrag"键值下再新建一个名为"Settings"的主键，然后再在此新建的主键下建立一个名为"DisableScreenSaver"的主键，最后将它的默认字符串值改为"YES"即可。以后每次运行磁盘碎片整理程序时系统会自动屏蔽掉屏幕保护，运行完成后自动恢复。
六、保留一定的磁盘空间
我们在使用中会发现，如果硬盘的剩余空间太小，运行应用程序的速度将会很慢，磁盘碎片整理也很难进行。所以，对于比较小的磁盘分区，最好保持15%以上的可用空间；对于比较大的磁盘分区，最好保持5%以上的可用空间;对于引导分区，至少要有40MB以上的可用空间。另外，在使用电脑的过程中，我们应该及时释放浪费的磁盘空间，例如经常清空回收站、删除上网后的历史记录以及删除临时文件夹和文件等。