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在前面的内容中提到过，Apache具有灵活的设置。所有Apache的安全特性都要经过周密的设计与规划，进行认真地配置才能够实现。Apache服务器的安全配置包括很多层面，有运行环境、认证与授权设置及建立安全的电子交易链接等。
1、Apache的安装配置和运行
（1）以Nobody用户运行一般情况下，Apache是由Root 来安装和运行的。如果Apache Server进程具有Root用户特权，那么它将给系统的安全构成很大的威胁，应确保Apache Server进程以最可能低的权限用户来运行。通过修改httpd.conf文件中的下列选项，以Nobody用户运行Apache 达到相对安全的目的。
User nobody
Group# -1
(2) ServerRoot目录的权限
为了确保所有的配置是适当的和安全的，需要严格控制Apache 主目录的访问权限，使非超级用户不能修改该目录中的内容。Apache 的主目录对应于Apache Server配置文件httpd.conf的Server Root控制项中，应为：
Server Root /usr/local/apache
（3）SSI的配置
在配置文件access.conf 或httpd.conf中的确Options指令处加入IncludesNOEXEC选项，用以禁用Apache Server 中的执行功能。避免用户直接执行Apache 服务器中的执行程序，而造成服务器系统的公开化。
<Directory /home/*/public_html>
Options Includes Noexec
</Directory>
（4）阻止用户修改系统设置
在Apache 服务器的配置文件中进行以下的设置，阻止用户建立、修改 .htaccess文件，防止用户超越能定义的系统安全特性。
<Directory />
AllowOveride None
Options None
Allow from all
</Directory>
然后再分别对特定的目录进行适当的配置。
（5）Apache 服务器的确省访问特性
Apache 的默认设置只能保障一定程度的安全，如果服务器能够通过正常的映射规则找到文件，那么客户端便会获取该文件，如http://local host/~ root/ 将允许用户访问整个文件系统。在服务器文件中加入如下内容：
<Directory />
order deny,ellow
Deny from all
</Directory>
将禁止对文件系统的缺省访问。
（6）CGI脚本的安全考虑
CGI脚本是一系列可以通过Web服务器来运行的程序。为了保证系统的安全性，应确保CGI的作者是可信的。对CGI而言，最好将其限制在一个特定的目录下，如cgi-bin之下，便于管理；另外应该保证CGI目录下的文件是不可写的，避免一些欺骗性的程序驻留或混迹其中；如果能够给用户提供一个安全性良好的CGI程序的模块作为参考，也许会减少许多不必要的麻烦和安全隐患；除去CGI目录下的所有非业务应用的脚本，以防异常的信息泄漏。
以上这些常用的举措可以给Apache Server 一个基本的安全运行环境，显然在具体实施上还要做进一步的细化分解，制定出符合实际应用的安全配置方案。