简单说说，不做技术分析（主要是没什么技术），供大家参考，消遣。众所周知，这两个系统都是出自一个老祖宗，就是UNIX了。当然unix是非常非常稳定的，我想主要原因是当时还没有3721一类的流氓插件，也没有熊猫烧香。总之当pc还没有普及的时候，外部环境很单纯，系统也很单纯，自然不会有什么问题。
Linux是由一个芬兰大学生Linus基于UNIX开发的，他也不是一时闲得无聊没妞泡，而是当时的AT&T与伯克利大学在BSD版权问题上发生了法律纠纷，导致BSD的源代码不能自由使用。（注：BSD是Unix的衍生系统）
这样Linux的内核就诞生了，所以虽然都是一个老祖宗但当Linux被放到了互联网上的时候，事实上已经趋于不同。你可以用，可以改，可以卖，唯一的条件就是你得把改完后的代码公布出来。所以Linux的孩童时代就是一些技术爱好者们的玩具，是堆砌出来的。就像IBM PC出现以前，个人电脑不过是电子爱好者们拼着玩的，不过乔布斯却闻到了金钱的臭味，后来IBM也眼红了，盖茨也看到了$，这样PC就诞生了，不过用的是老盖的系统，当然苹果机用的还是BSD系统。这样成长起来Linux注定是个时髦的玩意，大家都在努力使它更先进，更多新技术，性能更好，就像《四驱小子》里面的那帮孩子，总是把最先进的技术，材料应用到四驱车上。
下面说FreeBSD，前面有提到BSD的版权官司，当然最后还是解决了，更多地满足了伯克利的利益，不过使得伯克利的BSD开发告一段落了，最终版本是1995年的4.4BSD-Lite（lite就是因为官司的问题，不包含AT&T的源码）。而后，几种基于4.4BSD的套件（比如FreeBSD、OpenBSD和NetBSD）得以继续。所以FreeBSD是纯血马，由专门的小组开发维护。
FreeBSD被广泛评为最稳定的操作系统，因为比较单纯就比较安全，稳定——不像女孩子，越单纯越容易被骗，越不稳定（易情绪化，不懂事），服务多漏洞越多，问题越多。而性能上Linux要好一些，虽然我没有测试过（就算测试也是片面的，简单的，说明不了什么），但既然Linux是新技术应用的急先锋（Red Hat Linux 5.0 已经支持虚拟机技术），当然新的要比老的性能强，否则也不会有一大帮人有钱就换个手机。在底层也是这样的，比如磁盘读取，内存管理，通讯协议等Linux更喜欢拥抱新技术，FreeBSD更多考虑到系统稳定性。
我的看法，针对个人站长，针对web服务器。
真的要那么稳定吗？yahoo是用FreeBSD，雅虎挂过几分钟。但看看个人网站一声河蟹，挂倒一片，根本就不是系统原因。我们个人站和雅虎们不一样，不用要求那么苛刻，事实上挂个一天半天也是可以接受的，只要不是每个月都有那么几天不舒服的日子，就OK了。
linux和FreeBSD稳定上有差距，但不是你想像的那么大，而且这些差距是表现在高负载上的，我用独立服务器就是图个空间大，带宽充裕，生成，数据库操作方便，平时的负载是很低的。
性能上也是一样，百分之点几的差距在3秒中内就可以下载完成的一个网页上能看出什么区别吗？在执行时间0.00几秒的脚本中能看出差距吗？依然在高负载下才有些区别。
安全上，FreeBSD也是好一些，为什么？FreeBSD安装后系统就很纯很好了，linux安装后是需要一番设置的，linux就是玩出来的，所以你也要玩才行，去掉不必要的服务，禁用一些功能，控制权限。在抗攻击上，FreeBSD好一些，可能是内核原因吧，但抗攻击主要是要有个好墙，软墙的话看你规则配置怎样，硬墙看IDC是不是诚实，然后看带宽了（这句是废话）。
其他，linux有更多人关注，回答你的问题，搜到答案的几率也高，FreeBSD有非常好的手册（包含中文），但关注低，搜到你想要答案的几率当然也低。linux有中文图形安装界面，FreeBSD就算你照着手册，不反复安装10几遍是不会熟悉的，如果你英文非常好，这些就都不是问题了。
对于新手，懒人，装FreeBSD更好一些，虽然安装麻烦一些，但安装后基本不用太多设置，而且FreeBSD的包管理是一流的，使得安装程序，配置环境非常容易。有些基础的，可以用linux，自由定制环境更方便。上网找找别人的经验，配置一下安全也不难，日后维护也有许多资料可以查。linux用起来更方便些，比如vi文本编辑器，用退格就可以删除，FreeBSD的要用D来删除，诸如此类。linux的中文支持要比FreeBSD好，但服务器一般都是默认用英文环境，避免一些莫名其妙的问题。
虚拟主机服务商的话FreeBSD负载更好一些，但好像管理软件不好弄，其实win更好一些，有盗版的软件，还可以配置全能空间。最简单的无疑是用win了，只要你不把服务器当家里的电脑用，还是有保障的。自己能接受的就是好的，不一定非要最好的，就像找老婆，如果要找最好的，注定要孤独终老，女性亦然。
忘记说了，我用linux，CentOS，我喜欢定制，用喜欢用的版本，不装用不上的功能、模块，安装到我规划的位置，这方面linux更好一些。