在这里，配置的对象并非内核，而是软件。至于网络的配置，主要在安装系统是已经基本完成；也可以进入GUI界面从菜单选择liloconf来配置。
与WINDOWS一样，在LINUX系统可以从光盘、软盘安装应用软件；但不同的是，它需要用命令mount来登录光驱、软驱。而且，软件大多是经过压缩的，所以还需要懂得如何解压。最后必须配置、编译才能运行。下面分四个方面进行介绍：
一、mount登录
LINUX的软驱设备用特殊文件/dev/fd0，文件系统是msdos，因此用以下命令登录，读取软盘内容：
# mount -t msdos /dev/fd0 /mnt/floppy
# cd /mnt/floppy
同理，键入以下命令读光盘：
# mount -t iso9660 /dev/hdb /mnt/cdrom
# cd /mnt/cdrom
然后，用cp命令将所需的软件拷贝到系统中。
退出软驱、光驱用umount命令。注意，不能在其目录中使用此命令，而应先cd到其他目录，再使用：umount /mnt/cdrom。
二、安装软件
for LINUX的软件一般是以.gz或.tar或者.tar.gz结尾的。前者是由gzip压缩的，后者是先用tar归档，在用gzip压缩而成的。
1、以.gz结尾的为压缩文件，用命令：gzip -d filename来解压，得到的文件在当前目录中，但已没有了.gz。
2、以.tar结尾的为归档文件，用命令：tar -xvf filename来展开，生成的文件与源文件在同一目录中，只是少了.tar。
3、以.tar.gz结尾的文件最常见，可直接用命令：gzip -cd filename | tar xfv -来安装。
一般情况下，这类文件的第一项是一个目录，所以用上面的命令时会创建出这一个目录，并把所有的文件都存在此目录之下。如果是特殊情况，可先用命令：tar -tvf filename | more 来查看文件的第一项。倘若它并不是目录，则先创建一个目录，把文件放在此目录之下，在用命令：tar -xvf filename来安装。
经过以上步骤，会生成README及INSTALL等文件。用vi来仔细阅读这些文件造处于LINUX有关的部分，更具体是进行配置。一般的步骤是：（1）./config，（2）make install，（3）make。主要的变化在第一步，其后面需要参数，可见入命令来选择：./config --help。