由于文件系统是系统中非常重要的部分，因此维护文件系统的任务也非常重要。这个任务包括检查、修复文件系统，以及调整目录树以适合系统的变化，增添新存储设备等。
检查硬盘
正常情况下使用FreeBSD的时候，文件系统不会出现问题。然而在某些情况下，如没有正常关机操作就切断了计算机的电源，就会造成文件系统出现问题。此外，出于系统维护的目的，也需要经常检查磁盘的正确性。这就需要使用文件系统检查工具fsck。
# fsck /dev/wd0s3e
** /dev/rwd0s3e
** Last Mounted on /var
** Phase 1 - Check Blocks and Sizes
** Phase 2 - Check Pathnames
** Phase 3 - Check Connectivity
** Phase 4 - Check Reference Counts
** Phase 5 - Check Cyl groups
573files,3387used,26340free(132frags,3276blocks,0.4%fragmentation)
fsck使用raw方式存取磁盘，因此即使使用普通块设备/dev/wd0s3e为参数，fsck也将使用对应的raw方式设备文件/dev/rwd0s3e进行操作。为了避免与当前磁盘的存取操作冲突，因此要求在进行检查之前先将文件系统卸载，否则文件系统的状态总是不正确（没有被正确的卸载）。
为了不影响系统中正运行的进程，进行磁盘维护，最好首先进入单用户状态。这个状态下将关闭所有不必要的进程，系统也只安装了根文件系统，其他文件都没有安装，而且即使是根文件系统，也是以只读方式安装的，这样能保证不会发生存取冲突，导致文件系统出现错误。
一旦磁盘被检查出错误，fsck将提示管理员是否进行修改，可以使用 “-y” 参数，使得fsck自动进行修复工作，而不进行任何提示。系统每次启动的时候，都会使用这个参数自动检查和修复文件系统。
调整文件系统的目录结构
系统安装时在目录树上安装了不同的文件系统，随着时间的推移，有些目录使用的文件系统就会被文件数据占满，而有些目录下的文件系统却很少使用，使得文件系统不太适合系统的需求，此时或者增加新的硬盘设备，或者将文件在不同文件系统中进行调整。
例如，如果FreeBSD系统被用作一台News服务器，读者发表文章将保存在/var目录所在的文件系统，而缺省情况/var目录空间有限，那么这个目录就会被占满。如果不断在系统中安装各种应用软件，那么/usr/loc al目录所在的文件系统会被占满，等等。管理者就需要根据实际情况进行调整，可以使用df命令来查看文件系统的当前状态信息。