1、集成到程序中
其实木马也是一个服务器-客户端程序，它为了不让用户能轻易地把它删除，就常常集成到程序里，一旦用户激活木马程序，那么木马文件和某一应用程序捆绑在一起，然后上传到服务端覆盖原文件，这样即使木马被删除了，只要运行捆绑了木马的应用程序，木马又会被安装上去了。绑定到某一应用程序中，如绑定到系统文件，那么每一次Windows启动均会启动木马。
2、隐藏在配置文件中
木马实在是太狡猾，知道菜鸟们平时使用的是图形化界面的操作系统，对于那些已经不太重要的配置文件大多数是不闻不问了，这正好给木马提供了一个藏身之处。而且利用配置文件的特殊作用，木马很容易就能在大家的计算机中运行、发作，从而偷窥或者监视大家。不过，现在这种方式不是很隐蔽，容易被发现，所以在Autoexec.bat和Config.sys中加载木马程序的并不多见，但也不能因此而掉以轻心哦。
3、潜伏在Win.ini中
木马要想达到控制或者监视计算机的目的，必须要运行，然而没有人会傻到自己在自己的计算机中运行这个该死的木马。当然，木马也早有心理准备，知道人类是高智商的动物，不会帮助它工作的，因此它必须找一个既安全又能在系统，启动时自动运行的地方，于是潜伏在Win.ini中是木马感觉比较惬意的地方。大家不妨打开Win.ini来看看，在它的[windows]字段中有启动命令“load=”和“run=”，在一般情况下“＝”后面是空白的，如果有后跟程序，比方说是这个样子：run=c:\windows\file.exe load=c:\windows\file.exe，这时你就要小心了，这个file.exe很可能是木马哦。
4、伪装在普通文件中
这个方法出现的比较晚，不过现在很流行，对于不熟练的windows操作者，很容易上当。具体方法是把可执行文件伪装成图片或文本——在程序中把图标改成Windows的默认图片图标，再把文件名改为*.jpg.exe，由于Win98默认设置是"不显示已知的文件后缀名"，文件将会显示为*.jpg，不注意的人一点这个图标就中木马了(如果你在程序中嵌一张图片就更完美了)。
5、内置到注册表中
上面的方法让木马着实舒服了一阵，既没有人能找到它，又能自动运行，真是快哉！然而好景不长，人类很快就把它的马脚揪了出来，并对它进行了严厉的惩罚！但是它还心有不甘，总结了失败教训后，认为上面的藏身之处很容易找，现在必须躲在不容易被人发现的地方，于是它想到了注册表！的确注册表由于比较复杂，木马常常喜欢藏在这里快活，赶快检查一下，有什么程序在其下，睁大眼睛仔细看了，别放过木马哦：
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion
下所有以“run”开头的键值；
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion
下所有以“run”开头的键值
HKEY-USERS\.Default\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion
下所有以“run”开头的键值。
6、在System.ini中藏身
木马真是无处不在呀！什么地方有空子，它就往哪里钻！这不，Windows安装目录下的System.ini也是木马喜欢隐蔽的地方。还是小心点，打开这个文件看看，它与正常文件有什么不同，在该文件的[boot]字段中，是不是有这样的内容，那就是shell=Explorer.exe file.exe，如果确实有这样的内容，那你就不幸了，因为这里的file.exe就是木马服务端程序！另外，在System.ini中的[386Enh]字段，要注意检查在此段内的“driver=路径\程序名”，这里也有可能被木马所利用。再有，在System.ini中的[mic]、[drivers]、[drivers32]这三个字段，这些段也是起到加载驱动程序的作用，但也是增添木马程序的好场所，现在你该知道也要注意这里喽。