一、自定义 FCKeditor 的 BasePath
BasePath 即FCKeditor在网站中的相对路径，默认值是 /fckeditor/，最好在Web.config appSettings中对其进行配置：
<add key="FCKeditor:BasePath" value="/FCKeditor_2.6.3/"/>
这样做有诸多优点：
开发环境与生产环境不同，开发环境一般是http://localhost/xxx.com/这种情况下FCKeditor就得放在一个虚拟目录http://localhost/fckeditor/中，若涉及多个网站的开发，而各网站的FCKeditor有差别时，这样显然不是最优；
而且因为物理目录结构与逻辑目录结构不同，也会有发生错误的隐患；
而如果采用Web.config的配置，就可以在开发环境采用不同的配置，FCKeditor的物理路径与生产环境保持一致； 当升级FCKeditor时，只需要将新版本的FCKeditor放在相应版本号的目录里，修改一下配置即可。这样可以解决因为静态资源的客户端缓存问题，不同用户出现不同的错误的问题； 可以直观地看到自己的FCKeditor的版本号。
二、配置文件上传的目录
FCKeditor的文件上传（如图片上传）目录可以通过Web.config appSettings进行配置，如：
<add key="FCKeditor:UserFilesPath" value="/UploadFile/FCKeditor/"/>
也可以在 /FCKeditorBasePath/editor/filemanager/connectors/aspx/config.ascx 中进行配置，但我建议 FCKeditor 目录中的内容能不改就不改（fckconfig.js除外），这样日后升级可以放心地替换即可。
三、自定义文件上传的子目录的格式
我们知道，一个文件夹下面不能存放过多的文件（据称Windows下面的目录下2000为阈值），否则对该目录的访问会严重影响I/O性能。而FCKeditor的文件存储是在单一的一个目录进行的。我对FCKeditor进行了扩展，可以在Web.config appSettings对存储目录的格式自定义，如：
<add key="FCKeditor:FolderPattern" value="%y/%m-%d/"/>
以今天的日期为例：这样产生的文件上传子目录格式为：2008/10-21/。
年月日格式的目录可以随意组合，如：
<add key="FCKeditor:FolderPattern" value="%y/%m/%d/"/>
这样产生的文件上传子目录变成了2008/10/21/
参考：
%y 代表 当前时间的年份 %m 代表 当前时间的月份 %d 代表 当前时间的日
四、自定义文件上传的文件名格式
FCKeditor对文件名的处理规则是：如果当前目录下没有重名文件，则上传后的文件名与用户PC上的文件名一致；若存在n个重名文件，则加入用户PC上的文件名是Example.xxx，上传后的文件名变为：Example(n).xxx
我的项目里要求对用户上传的文件名变成Guid的格式，所以我对FCKeditor也做了扩展，在Web.config appSettings可以对上传后文件的格式自定义，如：
<add key="FCKeditor:FilenamePattern" value="%guid.%extl"/>
这样的文件名如：a299e63a-7d2d-493d-bbb9-99162ef5b6b8.gif
参考：
%guid 代表 一个
新的guid字符串 %fnl 代表 源文件名的小写 %fnu 代表 源文件名的大写 %extl 代表 源文件扩展名的小写 %extu 代表 源文件扩展名的大写
五、对上传图片进行缩放处理
用到FCKeditor图片上传功能的场景中，很多是内容的发表。内容中往往不需要几千像素大小的图片，比如我的项目中，文章区域最宽也就560像素，所以我做了一个扩展，在Web.config appSettings中可以对图片的最大宽度进行自定义：
<add key="FCKeditor:MaxW
idthOfUploadedImg" value="560"/>
有了这段配置，上传后的图片的宽度都控制在了560像素及以内
六、自定义上传后图片URL中的域名
为了加快页面的渲染，我们可以把图片等静态资源放在一个独立的域名当中。但FCKeditor默认的图片上传后URL是相对路径, 如:/fck/2008-03-01/1.jpg：
我增加了这个扩展，在Web.config appSettings可以配置上传后图片URL的域名，如：
<add key="FCKeditor:UploadedFilesDomain" value="http://www.aa.com/"/>
图片地址就变成绝对地址了,形式如: :http:www.aa.com/fck/2008-03-01/1.jpg
七、解决上传文件名含有中文的文件时提示 "invalid file type" 的问题
这个问题只需要在Web.config中增加一段配置即可解决：
<location path="FCKeditor_2.6.3/editor/filemanager/connectors/aspx/upload.aspx">
<system.web>
<globalization requestEncoding="utf-8" responseEncoding="gb2312"/>
system.web>
location>
注意：
responseEncoding是网站的默认编码 FCKeditor_2.6.3是FCKeditor的BasePath
八、FCKeditor的安全性
在FCKeditor的2.3.2版本里，曾有一个漏洞，可以通过 /editor/filemanager/browser/default/connectors/aspx/connector.aspx 往服务器上传任意文件，我的网站就曾经中招。
2.6.3虽然暂未发现类似的问题，但一般情况下用不到的文件最好还是删除比较好：
FCKeditor BasePath 根目录中除了保留： /editor /fckconfig.js /fckpackager.xml /fckstyles.xml /fcktemplates.xml /license.txt 外，全部删除
/editor/filemanager/中除了保留： /connectors/aspx/config.ascx /connectors/aspx/upload.aspx 外，全部删除
删除 /editor/_source/
/editor/filemanager/connectors/aspx/config.ascx 的 CheckAuthentication() 方法中，增加验证用户是否登录的逻辑
注意：以上措施仅适用于ASP.NET的网站，其他语言版本的网站未考虑。