据美国媒体报道，苹果新的支付系统有望改变人们在商店和应用内购物的方式，并对最大在线支付网络PayPal造成大威胁。除了允许人们在商店支付外，Apple Pay也允许iPhone 6和iPhone 6 plus的用户使用信用卡在参与的应用内购物。
长期来看，Apple Pay的成功将损害PayPal的利益，原因主要为以下几点：
1、苹果公布了首批“高度推荐”支付合作伙伴名单，包括了Stripe和First Data等可以处理Apple Pay应用内购买的6家公司。但PayPal新移动应用支付处理部门Braintree未包括在内。Braintree最近宣布，将帮助在其平台运行的应用与Apple Pay集成。
这种集成的结果是，使用Braintree支付的应用商家也可以使用其处理Apple Pay，这意味着消费者会同时看到Apple Pay和PayPal按钮。无论消费者用哪种方式支付，PayPal（通过Braintree）都将获得收益，但在消费者点击Apple Pay按钮时，通常收益没有点击另一个按钮高。
2、PayPal的Braintree拥有允许用户汇款的消费应用Venmo.有Venmo或PayPal应用的消费者可使用PayPal的“one-touch”支付系统在应用内支付。但需要注册Venmo或PayPal并下载其中一个应用。而Apple Pay不需要注册和下载。
3、在移动应用支付上，PayPal现在正与苹果和谷歌竞争。PayPal有着传统优势，但苹果和谷歌对消费者影响更大。如果苹果和谷歌的支付不断增长，PayPal必然受伤。PayPal和Braintree将他们的按钮视为方便应用开发商使用他们系统的方式，但在应用支付领域，随着Apple Pay的进入，该系统失去了独一无二的地位。
4、在消费者将银行账户与PayPal直接捆绑时，PayPal通常赚更多。PayPal的Braintree部门称，如果商家需要，其也将处理Apple Pay购买。虽然这也可以获得一些处理或相关支付费，但由于Apple Pay只捆绑个人信用卡或储蓄卡，而不是银行账户，他们赚的利润要少。
至于电子商务，Apple Pay对关注应用支付的PayPal有影响，如果Apple Pay扩大至移动网络，事情会变得更糟。