phpMyAdmin 安装后，默认其高级功能是不开启的，所以一般登录到 phpMyAdmin 后，会提示“phpMyAdmin 高级功能尚未完全设置，部分功能未激活。请点击这里查看原因。”。而所谓的高级功能，其实就是存储 phpMyAdmin 的各种参数到数据库中。
要解决这个问题也不难，实际上根据 phpMyAdmin 的提示一步一步也能完成。这里简单记录一下过程。
第一步，在 phpMyAdmin 源码的 examples 目录下有个 create_tables.sql 文件，这就是创建名为phpmyadmin 数据库的SQL文。当你用 root 用户登录 phpMyAdmin 后，在“导入”页面，上传这个 create_tables.sql 文件即可成功创建数据库phpmyadmin。
第二步，创建完数据库 phpmyadmin 后，展开左侧phpmyadmin，出现12张表名。
第三步，更改配置文件 (config.inc.php)中参数，参见 config.sample.inc.php 中的范例。有关 phpMyAdmin configuration storage settings 的设置如下：
$cfg['Servers'][$i]['pmadb'] = 'phpmyadmin';
$cfg['Servers'][$i]['bookmarktable'] = 'pma__bookmark';
$cfg['Servers'][$i]['relation'] = 'pma__relation';
$cfg['Servers'][$i]['table_info'] = 'pma__table_info';
$cfg['Servers'][$i]['table_coords'] = 'pma__table_coords';
$cfg['Servers'][$i]['pdf_pages'] = 'pma__pdf_pages';
$cfg['Servers'][$i]['column_info'] = 'pma__column_info';
$cfg['Servers'][$i]['history'] = 'pma__history';
$cfg['Servers'][$i]['tracking'] = 'pma__tracking';
$cfg['Servers'][$i]['designer_coords'] = 'pma__designer_coords';
$cfg['Servers'][$i]['userconfig'] = 'pma__userconfig';
$cfg['Servers'][$i]['recent'] = 'pma__recent';
$cfg['Servers'][$i]['table_uiprefs'] = 'pma__table_uiprefs';
第四步，退出，并重新登录 phpMyAdmin 以加载新配置并使其生效。
需要注意的是，我记得老版本中的 create_tables.sql 创建出的表名，类似于pma_bookmark，是一条下划线“_”，而不是现在的pma__bookmark,两条下划线“__”，因此配置文件中也要做出相应的更改。
2013年12月18日更新：
由于 phpMyAdmin 的版本 4.1.1 所创建的 phpmyadmin 数据库新增了 3 张表，所以其配置文件 config.inc.php 也需作相应的变更。最新版 phpMyAdmin configuration storage settings 的设置如下：
$cfg['Servers'][$i]['pmadb'] = 'phpmyadmin';
$cfg['Servers'][$i]['bookmarktable'] = 'pma__bookmark';
$cfg['Servers'][$i]['relation'] = 'pma__relation';
$cfg['Servers'][$i]['table_info'] = 'pma__table_info';
$cfg['Servers'][$i]['table_coords'] = 'pma__table_coords';
$cfg['Servers'][$i]['pdf_pages'] = 'pma__pdf_pages';
$cfg['Servers'][$i]['column_info'] = 'pma__column_info';
$cfg['Servers'][$i]['history'] = 'pma__history';
$cfg['Servers'][$i]['tracking'] = 'pma__tracking';
$cfg['Servers'][$i]['designer_coords'] = 'pma__designer_coords';
$cfg['Servers'][$i]['userconfig'] = 'pma__userconfig';
$cfg['Servers'][$i]['recent'] = 'pma__recent';
$cfg['Servers'][$i]['table_uiprefs'] = 'pma__table_uiprefs';
$cfg['Servers'][$i]['users'] = 'pma__users';
$cfg['Servers'][$i]['usergroups'] = 'pma__usergroups';
$cfg['Servers'][$i]['navigationhiding'] = 'pma__navigationhiding';