由于很多新手对安全问题了解不多，所以并不知道自己的计算机中了“木马”该怎么样清除。因此最关键的还是要知道“木马”的工作原理，这样就会很容易发现“木马”。 由于很多新手对安全问题了解不多，所以并不知道自己的计算机中了“木马”该怎么样清除。因此最关键的还是要知道“木马”的工作原理，这样就会很容易发现“木马”。
“木马”程序会想尽一切办法隐藏自己，主要途径有：在任务栏中隐藏自己，这是最基本的只要把Form的Visible属性设为False、ShowInTaskBar设为False，程序运行时就不会出现在任务栏中了。在任务管理器中隐形：将程序设为“系统服务”可以很轻松地伪装自己。
当然它也会悄无声息地启动，你当然不会指望用户每次启动后点击“木马”图标来运行服务端，“木马”会在每次用户启动时自动装载服务端，Windows系统启动时自动加载应用程序的方法，“木马”都会用上，如：启动组、win.ini、system.ini、注册表等等都是“木马”藏身的好地方。下面具体谈谈“木马”是怎样自动加载的。
在win.ini文件中，在[WINDOWS]下面，“run=”和“load=”是可能加载“木马”程序的途径，必须仔细留心它们。一般情况下，它们的等号后面什么都没有，如果发现后面跟有路径与文件名不是你熟悉的启动文件，你的计算机就可能中上“木马”了。当然你也得看清楚，因为好多“木马”，如“AOL Trojan木马”，它把自身伪装成command.exe文件，如果不注意可能不会发现它不是真正的系统启动文件。
在system.ini文件中，在[BOOT]下面有个“shell=文件名”。正确的文件名应该是“explorer.exe”，如果不是“explorer.exe”，而是“shell= explorer.exe 程序名”，那么后面跟着的那个程序就是“木马”程序，就是说你已经中“木马”了。
在注册表中的情况最复杂，通过regedit命令打开注册表编辑器，在点击至：“HKEY-LOCAL-MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run”目录下，查看键值中有没有自己不熟悉的自动启动文件，扩展名为EXE。
这里切记：有的“木马”程序生成的文件很像系统自身文件，想通过伪装蒙混过关，如“Acid Battery v1.0木马”，它将注册表“HKEY-LOCAL-MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run”下的Explorer 键值改为Explorer=“C:\WINDOWS\expiorer.exe”，“木马”程序与真正的Explorer之间只有“i”与“l”的差别。
当然在注册表中还有很多地方都可以隐藏“木马”程序，如：“HKEY-CURRENT-USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run”、“HKEY-USERS\****\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run”的目录下都有可能，最好的办法就是在“HKEY-LOCAL-MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run”下找到“木马”程序的文件名，再在整个注册表中搜索即可。
知道了“木马”的工作原理，查杀“木马”就变得很容易，如果发现有“木马”存在，最安全也是最有效的方法就是马上将计算机与网络断开，防止黑客通过网络对你进行攻击。
然后编辑win.ini文件，将[WINDOWS]下面，“run=“木马”程序”或“load=“木马”程序”更改为“run=”和“load=”;编辑system.ini文件，将[BOOT]下面的“shell=‘木马’文件”，更改为：“shell=explorer.exe”;在注册表中，用regedit对注册表进行编辑，先在“HKEY-LOCAL-MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run”下找到“木马”程序的文件名，再在整个注册表中搜索并替换掉“木马”程序。
有时候还需注意的是：有的“木马”程序并不是直接将“HKEY-LOCAL-MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run”下的“木马”键值删除就行了，因为有的“木马”如：BladeRunner“木马”，如果你删除它，“木马”会立即自动加上，你需要的是记下“木马”的名字与目录，然后退回到MS-DOS下，找到此“木马”文件并删除掉。
重新启动计算机，然后再到注册表中将所有“木马”文件的键值删除。至此，我们就大功告成了。
小知识：“木马”原指古希腊士兵藏在木马内进入敌方城市从而占领敌方城市的故事。在Internet上，“特洛伊木马”指一些程序设计人员在其可从网络上下载(Download)的应用程序或游戏中，包含了可以控制用户的计算机系统的程序，可能造成用户的系统被破坏甚至瘫痪。