商务部的目的非常明确，将在下一个五年规划中提高药品流通行业集中度，医药流通行业将正式受到整个流通行业政策规则的约束。
商务部市场秩序司副司长温再兴透露：“正在制定的十二五流通行业规划中，合理布局、统筹城乡这些内容都会在其中。”另外，商务部正在酝酿流通企业分级评估制度。按照设想，未来对各企业会按照规模和能力大小采取星级评价制，但商务部不会限制各星级的市场行为。
市场和政策的双重推动下，今后医药流通领域的集中度提升或许将快于制造领域，国药、上药为代表的国资系流通巨头正抓紧时机，如火如荼地在全国布局。业内专家提醒，如何防范药物配送垄断将成为行业发展新问题。
中小企业“被出局”
丽珠集团董事陶德胜称，对医药商业公司来说，谁能中标各省的基本药物配送权，就意味着占据了当地主要市场份额。
以北京为例，2009年12月，《2009年北京市医疗机构药品集中采购配送商遴选工作方案》出台，确定遴选10家大型现代化经营企业，作为2009年北京市医疗机构药品集中采购配送商，并选择2家企业作为备选配送商。据知情人士透露，在挑选配送企业之初，北京最初只选定北药股份一家，后在其他企业的要求下，北京市方面遂改为5家，再后来定为10家。目前在北京地区，北药股份是第一大医药商业企业，但其在北京一些地区也存在不小的空白点。
根据新医改方案实施细则的规定，对于基本药物将采取实行直接配送（一次配送），即药品从生产企业到终端医疗机构，只允许一家配送企业从事配送工作。这使得原本处于商业渠道最末端，从事分销活动的二三级中小配送商，由于配送的规模和覆盖范围有限而在竞争中成为弱者。而这次医药商业标准的推出，更进一步阐述了政府要医药流通企业做大做强，流通商业企业兼并重组，中小企业转型的立场。
因此，北京市严格规定生产企业直接或委托此次遴选出的配送商向医疗机构进行药品配送，原则上只允许委托一次。配送企业对外不能转包，否则作废。
医药分析人士认为，要实现全面覆盖，对于入选的医药流通企业来说只有一条路可走，那就是收购一些中小企业。
目前，国家对药品经营资质的审查门槛已经有所提高，要拿到资质必须要有现代物流配送能力，即使已经有资质的，若在规定的时间内依旧未能具备现代物流能力，资质还是有可能被收回去。
“几家独大”如何防范垄断
如今的医药流通行业，由于长期以来药品中间环节过多，存在很多不规范的现象，如药品流通中变相挂靠经营现象严重；倒买倒卖增值税票泛滥成灾，偷税漏税十分猖獗；医药生产经营企业与寄生在不健康医疗体制上的医药代表、用药单位、医生等形成一条庞大的利益链，导致商业贿赂盛行、药品价格虚高等。
广药集团方明（化名）认为，这些不规范的现象环环相扣，使得药品价格也严重偏离了正常的轨道，导致医药流通经营市场十分混乱，物美价廉的产品反而缺少市场，药品价格越高越好卖；不规范的药品配送市场使得医药经营企业过度分散竞争。
如今，一纸命令向多如牛毛般的流通企业砍去，看似可能彻底解决此前存在的毒瘤。
但民营流通巨头九州通高层指出，如果对直接配送不加以细化，很有可能让药品流通行业退回到计划经济时期的“统购统销”模式，导致基本药品生产和配送的行政垄断局面，这将严重损害药品生产和流通领域的竞争。没有竞争约束的行政垄断必然产生低效率和腐败。
中国医药企业行业协会会长于明德接受记者采访时表示，实施定点生产或集中采购、直接配送等措施，政府对企业的过多干预不利于市场经济的运行，不应以行政的手段宣布某些企业的入选或者退出。
作为我国最大的医药分销商，国药控股网络已遍布全国，旗下子公司几乎都是当地的商业龙头。截至2009年9月，国药控股已拥有30多家分公司，覆盖了全国超过40个一级城市、200多个二级城市、5000多家目标医院和2万多家零售药店。摩根大通分析人士预计，国药至2015年市场占有率可升至16%。第二的上海医药占5%左右。
方明告诉记者，如今就全国医药流通企业来说，国药、上药、南京医药等正在加速扩张自己的版图，各省国资委所属的流通企业也在稳固地位，在医药流通领域的采购和配送将达到与生产企业相互抗衡的市场地位。正如3C行业的国美、苏宁，市场主导地位已经绝对超过生产企业。
于明德指出，医药商业行业集中度是众望所归，但是行政力量的主导也不免带来另外一种担心，如果在提高行业集中度的过程中，行政指导的作用大于市场调节，我国医药流通行业仍然难以走上健康发展的轨道。