Windows查找文件时要访问文件分配表(FAT)，它可以通过储存已访问的文件的路径和名字来加快下一次访问的速度。如果设置为便携机，系统只能存储16个文件夹和337个文件，使用约4KB内存;设置为台式机，那么系统能存储已访问过的32个文件夹和677个文件，使用约10KB的内存;而设置为网络服务器可以存储高达64个文件夹和2729个文件，使用约40KB的内存。所以将系统设置为网络服务器可以大幅度提高FAT存储能力加快访问速度。Windows优化大师针对不同的用户类型为使用者提供了7种文件系统优化方式。其中包括：Windows标准用户适用于Windows的所有没有特殊需求的用户;电脑游戏爱好者用户适用于经常玩CS等3D游戏的用户;系统资源紧张用户适用于开机后系统资源可用空间较小的用户;多媒体爱好者适用于经常运行多媒体程序的用户;大型软件用户适用于经常同时运行几个大型程序的用户;光盘刻录机用户适用于经常进行光盘刻录的用户;录音设备用户适用于经常进行音频录制和转换的用户。
二级数据高级缓存：中央处理器(CPU)的处理速度要远大于内存的存取速度，而内存又要比硬盘快得多，这样CPU与内存之间就形成了影响性能的瓶颈。CPU为了能够迅速从内存获取处理数据设置了缓冲机制：二级缓存(L2 Cache)。Windows 2000/XP/2003系统在从中央处理器(CPU)的二级缓存(L2 Cache)读取数据失败后，还会通过操作系统设置的二级数据缓存中读取数据。调整这个选项能够使Windows2000/XP/2003/Vista更好地配合CPU并充分利用操作系统的SecondLevelDataCache机制获得更高的数据预读命中率。然而，让操作系统设置多大的缓冲区取决于用户的CPU(Windows2000/XP/2003/Vista操作系统默认二级数据高级缓存的大小为256 KB)。Windows优化大师能够自动检测用户的CPU并推荐最适合当前系统的缓存大小，现在使用者只需移动调节棒到推荐位置即可。
优化NTFS性能，禁止更新最近访问日期标记。当Windows2000/XP/2003/Vista访问一个位于NTFS卷上的目录时，会更新其检测到的每一个目录的最近访问日期标记。这样如果存在大量的目录将会影响系统的性能。使用此选项将禁止操作系统更新目录的最近访问日期标记，以达到提高系统速度的目的。注意：如果使用者的文件系统不是NTFS时选择此项不会提高文件系统性能。建议使用NTFS文件系统的Windows2000/XP/2003用户选择此项。
优化NTFS性能，禁止创建MS-DOS兼容的8.3文件名。在NTFS分区上创建MS_DOS兼容的8.3格式文件名将会影响NTFS文件系统的速度，建议使用NTFS文件系统的Windows2000/XP/2003/Vista用户选择此项。注意：启用此项后，部分16位程序在安装时可能出现无法创建诸如“c:progra~1applic~1”目录名的问题，这时候用户可以通过重新启用此功能来解决。同时启用该项目后Symantec的部分企业版软件可能出现无法安装的情况，例如：Symantec Anti-Virus，此时关闭此选项即可。
修改完成后，点击“优化”，进行保存设置。
设置向导：
点击“设置向导”，Windows优化大师帮助您完成对文件系统的优化设置。
进入文件系统优化向导，点击“下一步”，开始文件系统优化设置。
您可以根据您使用计算机的情况做出选择，可以选择“最高性能设置”(默认)，也可以选择“最佳多媒体设置”，点击“下一步”
优化大师根据您上一步的选择，自动生成最佳的优化方案，点击“下一步”
在文件系统优化完成之前，优化大师将提示您“是否进行文件系统优化”，点击“完成”，便进行文件系统的优化。
恢复：
将文件系统优化设置恢复到Windows默认设置，点击“恢复”