原文：http://sinojelly.blog.51cto.com/479153/633495
配置方法
建议配置在~/.gitconfig中。
Linux下
[diff]
tool = bc3
[difftool]
prompt = false
[merge]
tool = bc3
[mergetool]
prompt = false
cygwin下
[diff]
tool = jellybc3
[difftool]
prompt = false
[difftool "jellybc3"]
#use cygpath to transform cygwin path $LOCAL (something like /tmp/U5VvP1_abc) to
windows path, because bc3 is a windows software
cmd = \"/cygdrive/c/program
files/beyond compare 3/bcomp.exe\"
\"$(cygpath -w $LOCAL)\" \"$REMOTE\"
[merge]
tool = jellybc3
[mergetool]
prompt = false
[mergetool "jellybc3"]
#trustExitCode = true
cmd = \"/cygdrive/c/program
files/beyond compare 3/bcomp.exe\"
\"$LOCAL\" \"$REMOTE\" \"$BASE\" \"$MERGED\" \"$MERGED\"
注意：
1、diff工具的命名，如果用bc3，那么git会采用它内置的对bc3的理解来进行调用，不会调用cmd指定的。
Linux上使用内置的比较方便，但cygwin上，$LOCAL不转换为Windows路径，会发现BC只打开了一个文件。
2、注意引号需要转义，否则git调用时会出错。
3、根据上面的推理，如果在Linux下配置，应该只需要配置diff.tool为bc3，并且把bc可执行文件路径加入path环境变量即可（也可以配置在difftool.bc3.path中）。merge也是类似。
使用方法查看diff
git difftool
使用bc解决冲突
git mergetool
参考资料
BC官方网站关于集成版本管理系统的介绍（必要时可参考，比如上面的介绍并不适合你所用的git版本时）
http://www.scootersoftware.com/support.php?c=kb_vcs.php
GIT官方网站的帮助（非常有用）
http://www.kernel.org/pub/software/scm/git/docs/git-difftool.html