我们一起安装了WebSphere6.1，现在我们来把Myeclipse和WebSphere整合在一起。
首先把Myeclipse启动以后，点击Windows（窗口）-Preferences（首选项）。
在Preferences中点击Myeclipse Enterprise Workbench - Servers。
在打开的Servers中我们能够看见，常用的应用服务器都在列表里面，Tomcat、Weblogic、Jboss等。找到WebSphere，然后选择版本6.1
最上面的是服务器的启用/禁用，我们选择Enable。
下面WebSphere home directory 是WebSphere的安装目录 默认是C:\Program Files\IBM\WebSphere\AppServer。选好这个以后其他的都自动补齐。
最后点apply生效。
然后点击WebSphere6.1子选项中的JDK，来配置WebSphere的运行时环境。
这里最好选择WebSphere自带的JDK和JRE，这样比较稳定。
点击add ，在弹出的对话框中点击 directory 选择JDK目录，默认是C:\Program Files\IBM\WebSphere\AppServer\java
然后点击Finish – Apply 生效。
这里是选择WebSphere的运行模式，选择Debug mode 就可以啦。
还是要点击 Apply - OK。
好了，Myeclipse里配置完了。
现在先不要着急从Myeclipse里启动WebSphere。因为WebSphere的启动信息在一个日志文件中保存，我们应该把它转移到Myeclipse的Console（控制台）中。
点击 开始-所有程序-IBM WebSphere-Application Server V6.1-概要文件-AppSrv01- 启动服务器。
然后再点击上目录中的管理控制台打开网页进入控制台。
输入用户名和密码以后进入到后台页面。
点击左侧的故障诊断-日志和跟踪-server1
选择JVM日志，也就是java虚拟机日志。
把两个文件名都改为console。为了把启动信息显示在Myeclipse中的控制台里,否则会发现在myeclipse启动的时候报：<JIT: FullSpeedDebug: ignoring countString>错误。
OK，保存一下，然后在程序菜单里点击停止服务器
看看控制台里的启动信息，嘿嘿，成功啦！
在Myeclipse中新建一个web项目。
这些就不用我多说了吧
然后在WebSphere中发布这个项目。
有一点要注意，一定要选择生产模式，也就是Packaged Archive。
然后进入WebSphere的后台，安装刚才发布的项目生成的.war文件。
这里就点击下一步啦。
里必须勾选模块。点击下一步。
这里也一样，勾选模块。
开始安装喽。
第一次安装的时候这个程序的状态是停止的，勾选以后点击启动
OK啦。全部完成喽。
去浏览器访问吧。
输入：http://localhost:9080/projectname
再多说两句，WebSphere安装项目后的端口是9080，进入后台时端口号是9060和9043。
其中9043端口使用ssl:secure socket layer安装套接层协议。
转自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_694448320100mr7v.html
当我项目启动后报错： 00000036 ServletWrappe E SRVE0100E: 未识别出由 servlet context 抛出的 init() 异常：org.springframework.beans.FatalBeanException: Unable to determine validation mode for ServletContext resource [/WEB-INF/classes/applicationContext-jdbc.xml]. Did you attempt
to load directly from a SAX InputSource?; nested exception is sun.io.MalformedInputException: null sun.io.MalformedInputException
at sun.io.ByteToCharGB18030.convert(ByteToCharGB18030.java(Compiled Code))
at sun.nio.cs.StreamDecoder$ConverterSD.convertInto(StreamDecoder.java(Inlined Compiled Code))
at sun.nio.cs.StreamDecoder$ConverterSD.implRead(StreamDecoder.java(Compiled Code))
at sun.nio.cs.StreamDecoder.read(StreamDecoder.java(Compiled Code))
at java.io.InputStreamReader.read(InputStreamReader.java(Compiled Code))
at java.io.BufferedReader.fill(BufferedReader.java(Compiled Code))
at java.io.BufferedReader.readLine(BufferedReader.java(Compiled Code))
at java.io.BufferedReader.readLine(BufferedReader.java(Compiled Code))
…….
这个异常产生的原因是IBM在JDK 1.4版本中为了追求对io通道的高效率改变了JDK 1.3中对io通道中异常处理的策略。IBM JDK 1.4中对于io通道的异常处理更加严格，因此系统中会报上面的错误。 解决这一问题的办法是不使用IBM JDK 1.4中默认的io通道，而使用nio通道。具体的做法如下：
1.打开管理控制台,找到并选择运行这个JSP的应用服务器
2.依次选择进程定义，java虚拟机，一般JVM自变量 （就是应用服务器中，Java 和进程管理 ->进程定义java虚拟机）
3.添加-Dibm.stream.nio=true
4.确定，保存
5.重新启动该服务器